生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出来,却把握不住对还是错。
学习生信从来就不是一个简单的事,需要做好持久战的心理准备。
在学习时,我们都希望由浅入深的逐步深入,不断地练习和实践,这就是为什么我们需要一本书,因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史,如果想要一门程序设计的入门数据,每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书,就有些难了。本身生信跨领域,需要多学科的知识,而其内部又有不少分子,都囊括了太大,包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。
我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python,自学R,自学高通量测序;这些学习经历,之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西,觉得好简单,而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记,当时也只是为了自己看,到现在确实只有自己能看得懂,不便惠及更多的人。
因此我们创建了生信宝典,希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义,一是形式上的不同,摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥,而是有组织有计划的内容聚合,提供一系列的教程,由入门到提高。二是内容的不同,不去用网上现有教程的通用数据做例子,而是拿实际生物数据,讲述如何解释生信中普遍碰到的问题,讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时,我们回到了当年,在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白,从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手,直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷,是否难,而是是否必要。如果必要,再简单,也要提及;如果不必要,再炫酷,也暂不纳入。
通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多,可以当做小说阅读,也可以跟着去练,反复几遍,每读一次都会有不同的收获和体会。
征稿:诚邀广大同行分享学习经验、心得体会、成果文章解读,即有利于交流和宣传,又提高自身的影响和文章的引用推广;欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。(诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑)
生物信息学包含生物数据分析、数据可视化、重复工作程序化,是生物、医学科研必备的技能之一。生信宝典精心组织生信学习系列教程、生信工具精品教程,通过大量的生信例子、关键的注释、浓缩的语句和录制的视频帮助快速掌握生信知识。
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注:下面为往期文章目录集合,所有蓝字均为文章链接,点击阅读原文
教程合集
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- 生信宝典Py3_course.pdf
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加拿大生信课程
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- Bioinformatics_for_Cancer_Genomics
- Informatics_on_High-Throughput_Sequencing_Data
- Informatics_for_RNA-Seq_Analysis
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- Epigenomic_Data_Analysis
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Illumina测序应用手册
系列教程
- 生物信息之程序学习
- 关于编程学习的一些思考
- 该如何自学入门生物信息学
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- 收藏 你想要的生信学习系列教程-宝典在手,生信无忧
- 生信的系列书籍
- 文章用图的修改和排版 (1)
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- 简单强大的在线绘图
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- 测序发展史:150年的风雨历程
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- 跟Cell editor学做scientific presentation (25个判断标准,18个不能做,8个建议)
- 一文掌握GSEA,超详细教程
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蛋白质组学研究
转录组研究
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- 120分的转录组试题(第一份答案)
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- NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
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- NGS基础 - 测序原始数据下载
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单细胞系列教程
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[Science:通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 很好的单细胞分析案例](https://mp.weixin.qq.com/s/n-MIhxMLL7wF-PyePJO6gg) -
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- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)- 实验平台
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)- 文库拆分和细胞鉴定
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)- STAR, Kallisto定量
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)- 构建表达矩阵,UMI介绍
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(九)- Scater包单细胞过滤
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(十)- Scater基因评估和过滤
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- BROAD开发的TCGA分析平台,强大的下载功能
- cBioPortal功能强大的TCGA再分析平台
- 这是数据更新最实时的TCGA网站,功能强大
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- 为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的?
扩增子三步曲
- 1图表解读-理解文章思路
- 2分析流程-把握分析细节
- 扩展1:视频教程-夯实分析思路
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- 3统计绘图-冲击高分文章
- 易生信-扩增子教程01-基本概念
- 易生信-扩增子教程02-真菌引物选择
- 收藏-手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表
- 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪(3万字长文带你系统学习网络)
宏基因组教程
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- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- 宏基因组分析教程
- 4500元的微生物组培训资料
- 宏基因组分析教程合集
- 宏基因组分析教程合集和往期课程PPT分享
- 人类微生物组计划 - 宏基因组/16S分析流程 bioBakery
宏基因组分析专题
- 1 背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3 组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4 基因注释Prokka
- 5 基于Kmer比较数据集sourmash
- 6 不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7 bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8 分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvio
- 10 绘制圈图-Circos安装与使用
- MetaPhlAn2分析有参宏基因组
ChIP-seq专题
- ChIP-seq基本分析流程
- 从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)
- 表观遗传小白逆袭之道:从这 19 个视频开始吧!
- Bedtools使用简介
- 2018 升级版Motif数据库Jaspar
- MotifStack:多motif序列比较和可视化
- 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
- AnimalTFDB 3.0 动物转录因子注释和预测的综合资源库
- Cell重磅综述:关于人类转录因子,你想知道的都在这
Linux 全介绍
- 免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
- Linux - 总目录
- Linux - 文件和目录
- Linux - 文件操作
- Linux - 文件内容操作
- Linux - 环境变量和可执行属性
- Linux - 管道、标准输入输出
- Linux - 命令运行监测和软件安装
- Linux - 常见错误和快捷操作
- Linux - 文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。
- Linux - 文件排序和FASTA文件操作
- Linux - 应用Docker安装软件
- Linux - Conda软件安装方法
- Linux - 服务器数据定期同步和备份方式
- Linux - VIM的强大文本处理方法
- Linux - 查看服务器配置信息
- Linux - SED操作,awk的姊妹篇
- Linux - 常用和不太常用的实用awk命令
- Linux - 那些查找命令
- Linux - 原来你是这样的软连接
- Bash概论 - Linux系列教程补充篇
- Nature Method:Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- Linux下文件内容更新了文件夹时间戳却没变?
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- 如何获取目标基因的转录因子(下)——Linux命令获取目标基因TF
- 生信人写程序1. Perl语言模板及配置
- 生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
CIRCOS系列
R统计和作图
- 文章用图的修改和排版 (1)
- 文章用图的修改和排版 (2)
- 简单强大的在线绘图
- 简单强大的在线绘图-升级版
- 简单强大的在线绘图-第3版
- 论文图表基本规范
- 学术图表的基本配色方法
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- Graphpad,经典绘图工具初学初探
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- 原来Rstudio还可以这么使用,又方便了一些
- 在R中赞扬下努力工作的你,奖励一份CheatShet
- 别人的电子书,你的电子书,都在bookdown
- R语言 - 入门环境Rstudio
- R语言 - 热图绘制 (heatmap)
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- R语言 - 箱线图一步法
- R语言 - 火山图
- R语言 - 富集分析泡泡图
- R语言 - 散点图绘制
- R语言 - 韦恩图
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- R语言 - 绘制seq logo图
- WGCNA分析,简单全面的最新教程
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- 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现
- 一文看懂PCA主成分分析
- 富集分析DotPlot,可以服
- 基因共表达聚类分析和可视化
- R中1010个热图绘制方法
- 还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
- 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
- 文章用图的修改和排版
- network3D: 交互式桑基图
- network3D 交互式网络生成
- Seq logo 在线绘制工具——Weblogo
- 生物AI插图素材获取和拼装指导
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- SOM基因表达聚类分析初探
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- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
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生信宝典之傻瓜式
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Python
- Python极简教程(一)
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