在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年11月16-18日北京鼓楼推出《转录组数据分析》专题培训第四期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个转录组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习),“教—练—答—用”四个环节统一协调,真正实现独立分析大数据

关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》

课程简介

请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。

本课程一共3天,每天6节课,共18节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、转录组设计、分析标准流程、差异基因分析、功能富集分析、及各类高级分析(差异剪接、WGCNA分析、通路图绘制等),和CNS级图片修改排版。3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路,助力您真正玩转转录组分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。

编号 主题 简介
11 转录组概述 转录组设计、应用、批次效应等
12 转录组分析流程简介 基于/不基于比对的分析流程讲演
13 Salmon定量实战 不基于比对直接定量基因和转录本的表达
14 差异基因分析 DESeq2差异基因分析
15 富集分析和可视化 GO富集分析
16 富集分析和可视化 GSEA富集分析
17 R基础 数据读写、处理和可视化
21 二代三代测序原理介绍 建库测序过程及注意事项
22 转录组软件安装 Linux下一键配置
23 STAR比对拼装差异剪接 和差异基因分析
24 WGCNA基因加权共表达 网络分析和性状关联
25 Cytoscape绘制 共表达网络和调控通路网络图
26 文章常见图表解读 和Illustrator制作CNS标准图版
27 Linux基础 详细解释代码和文件格式转换
31 单细胞转录组特点介绍 注意事项
32 单细胞数据预处理 细胞和基因筛选
33 单细胞分型 PCA, TSNE, SC3聚类
34 单细胞发育演化分析 Pseudotime
35 单细胞Marker基因鉴定 差异分析,功能分析
36 考试、圆桌论坛 自评学习效果、知识点回顾
41 答疑-线上 答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下:

转录组的应用、设计和案例分享

  1. 转录组学研究技术介绍
  2. 转录组学实验设计和测序原则、注意事项
  3. 二代、三代测序过程和原理解析
  4. 转录组学文章案例分析
  5. 在线基因表达资源数1据库

转录组分析流程实战

  1. 转录组分析流程评估
  2. 测序数据质量评估和清洗
  3. 不基于比对的差异基因分析
  4. 基于比对的差异基因分析
  5. 转录本组装和选择性剪接分析
  6. 目标基因GSEA/GO富集分析

常见图表解读和图形编辑排版

在培训上,结合发表高水平文章,进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围,让你不仅读懂图,更知道如何应用于自己的研究,并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题,易生信团队针对常用16种图开发了免费绘图网站,一键出图,更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

成果发表是科研过程中不可缺的一部分,发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。之前推出的文章发表图的修改和排版讲演了部分图形编辑和排版操作,本次培训也会实践从原始图形、到细节修饰再到排版发表的整个过程和注意事项。

转录组高级分析

  1. WGCNA基因共表达分析
  2. WGCNA基因、表型关联分析
  3. Cytoscape 共表达网络绘制
  4. 转录组常见图形在线绘制
  5. KEGG/Reactome通路图绘制,表达映射
  6. 基因互作的文献挖掘和数据库挖掘展示

生信基础知识

  1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用
  2. Linux/Windows下转录组分析流程的搭建

生物学家必要掌握的ShellR语言基础知识。

(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

定制内容

如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现,也请提出,一起讲述。

如果您有其它关注的问题,也请报名时提出,把这次课程变成您的定制讲解

120分的转录组试题来测试下

往期精彩回顾

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主讲教师

陈同,博士,2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所,生物信息专业博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章,运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号,给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇,SCI收录7篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇,关注人数2.3万人,累计阅读近300万次。

助教团队

十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学,封装好的代码全部分享,随处可用:

  • 第一阶段 3天集中授课;
  • 第二阶段 自行练习2周;
  • 第三阶段 在线直播答疑;
  • 第四阶段 培训视频继续学习;
  • 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2018-11-16 到 2018-11-18 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:提前一天或者当天都可以

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 截止 2018-11-10 4199 元/人
  2. 名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

课程福利

  1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
  2. 赠送程序基础课和对应课程往期视频课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
  3. 多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)
  4. 赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)
  5. 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)

注意事项 *

  1. 需自备笔记本电脑,推荐使用win10系统,4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊
  3. 上课期间禁止录音,录像
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)
  6. 不可先延期再退款 更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

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