组织特异性基因(Tissue-specific Genes)是指在不同的细胞类型中特异性表达的基因,其调节细胞特异的形态结构或生理功能。组织特异性基因的表达是理解生物学过程、生理环境和疾病产生的关键,对TissGenes的研究将有助于深入了解致病机制和特异性治疗靶点,同时可以促进对临床相关的突变基因的发现。

关于TissGDB

Tissue-specific Gene DataBase in cancer (TissGDB),由德州医学中心Zhao Zhongming教授实验室开发,年初发表于NAR杂志,是存储了癌症中组织特异性基因的数据库。

为了获得可靠的TissGenes,整合了三个代表性组织特异性基因表达数据库,分别是人类蛋白质图谱(HPA)、组织特异性基因表达和调节(TiGER)、基因型组织表达(GTEx),获得与28种癌症相关的22种组织类型,最终选择了2461个至少能在上述三种数据库的两个中检索到的TissGenes,以确保组织表达的特异性,为癌症和相关疾病研究提供了参考资源。

检索方式

  • 在搜索框中输入Gene symbolEntrez gene IDUniProt accession进行索引

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  • 根据癌症类型进行搜索

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编号 英文缩写 中文名
1 ACC 腺样囊性癌
2 BLCA 膀胱癌
3 BRCA 乳腺癌
4 CESC 宫颈鳞状细胞癌
5 COAD 结肠癌
6 ESCA 食管癌
7 GBM 脑癌 (胶质母细胞瘤)
8 KICH 肾嫌色细胞癌
9 KIRC 肾透明细胞癌
10 KIRP 乳头状肾细胞癌
11 LAML 骨髓癌
12 LGG 脑胶质瘤
13 LIHC 肝癌
14 LUAD 肺腺癌
15 LUSC 肺鳞状细胞癌
16 OV 卵巢癌
17 PAAD 胰腺癌
18 PCPG 肾上腺癌
19 PRAD 前列腺癌
20 SARC 软组织癌
21 SKCM 皮肤癌
22 STAD 胃癌
23 TGCT 睾丸癌
24 THCA 甲状腺癌
25 THYM 胸腺癌
26 UCEC 子宫内膜癌
27 UCS 子宫癌
28 UVM 眼癌
  • 根据组织类型进行搜索

TissGDB_Browse_by_cancer_tissue

编号 英文名 中文名
1 Adrenal_Gland 肾上腺
2 Bladder 膀胱
3 Bone_Marrow 骨髓
4 Brain
5 Breast 乳房
6 Cervix 子宫
7 Colon 结肠
8 Eye 眼睛
9 Kidney
10 Liver
11 Lung
12 Ovary 卵巢
13 Pancreas 胰腺
14 Prostate 前列腺
15 Skin 皮肤
16 Soft_Tissue 软组织
17 Stomach
18 Testis 睾丸
19 Thymus 胸腺
20 Thyroid_Gland 甲状腺
21 Uterus 子宫
22 Esophagus 食道
  • 根据疾病所在染色体号进行搜索

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检索结果

下面是检索结果页面,点击Symbol号进入基因详情页面

TissGDB_TissGenes_for_your_query

详情展示分为7部分,蓝色字体可点击跳转其它数据库链接。具体见下:

TissGDB_TissGenes_infor

1. TissGeneSummary

该部分展示了基因的基本信息(如Symbol号、别名、位置);与基因表达、信号通路、调节机制相关的信息,蓝色字体与各数据库相关联,同时展示了基因的组织和癌症类型以及相关的PubMed文章。

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2. TissGeneExp

该部分根据基因的表达量进行了各种注释。

2.1 基因在28种癌症类型中的表达情况,X轴是28种癌症类型,Y轴是经过标准化计算后的基因表达值

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2.2 基因在28种癌症类型中异构体表达情况,X轴是28种癌症类型,Y轴是经过标准化计算后的基因表达之值,不同颜色代表不同类型的异构体。可以看到有一个TMPRSS2有一个转录本只在PRAD癌症中表达。

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2.3 根据GETx数据库展示了基因在正常组织中的表达值(仅展示与28种癌症相关组织类型),X轴是组织类型,Y轴是经过标准化计算后的基因表达之值

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2.4 展示了基因在14种不同癌症类型中的表达情况,以在正常组织中的表达量作为对照,X轴是癌症类型,Y轴是经过标准化计算后的基因表达之值

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2.5 基因在不同癌症类型中显著差异表达情况,筛选标准 Fold change >1 and FDR<0.05

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3. TissGene-miRNA

在28种癌症类型中,TissGene的显著抗性相关miRNA

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4. TissGeneMut:TissGeneSNV, TissGeneCNV, and TissGeneFusions

4.1 TissGeneSNV

每个基因座的单核苷酸变异(SNV)统计,不同颜色代表不同的癌症类型,圆圈大小表示样本数多少

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TissGene的28种癌症类型的体细胞核苷酸变体,X轴是癌症类型,X轴括号中的数字表示具有突变的样本数(nsSNV),Y轴是突变样品的百分比

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基因在不同组织中的不同突变类型,按突变频率排列

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4.2 TissGeneCNV

基因在28种癌症类型中的基因拷贝数变异(CNV),X轴是癌症类型,Y轴是不同拷贝变异类型所占的比例

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4.3 TissGeneFusions

包含TissGene的融合基因类型

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5. TissGeneNet

基于蛋白质-蛋白质相互作用数据(CePIN)的共表达基因网络,每两个共表达网络属于一个癌症类型正常组织与癌症组织的比较。

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6. TissGeneProg

通过对数秩检验,做TissGene在28种癌症类型中的 Kaplan-Meier 总生存率曲线(overall survival, OS)和无复发生存率曲线(relapse free survival, RFS)

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根据95%的置信区间绘制的28种癌症类型中总生存和无复发生存的风险率,括号中n是样本量,中括号中的数值是风险率的区间,圆圈标出的是预估最可能的风险率。

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7. TissGeneClin: TissGeneDrug and TissGeneDisease

TissGeneDrug :针对该基因,治疗癌症的药物信息

TissGeneDisease:与该基因相关的疾病信息

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