十一之前,出了一期画图专辑:好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章,包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠),这些都是基于R代码或简便封装的R脚本,便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工具以及图形排版的介绍,是在家作图、出门收藏的必备良品。

代码很简单,封装很方便,但在使用时还是有不少朋友遇到不少问题,那么有没有办法不写代码就可以直接出图,并且既简单易用,又可定制,还能得到矢量图。

神器来了,生信宝典团队开发的在线绘图工具eChart(也请大家给起个名字)开始面向公测了,有问题或新增功能或用着不习惯的地方还请反馈

图形支持

设计有生信分析常见的14种图,开始公测的有3种,线图、泡泡图和热图。

整体界面

初进入是网站展示和图形Demo界面。轮播图中贴心地提供了R中支持的颜色的名字和代码,方便绘图时查询使用,用户可点击右上角按钮全屏查看。下方每个Demo图点击都可进入相应绘图页面。右侧侧边栏有4个二维码,有我们的公众号和联系方式。页底有信息反馈邮箱,有问题或新增功能或用着不习惯的地方还请反馈。

数据格式

输入数据格式根据绘图需要支持两种格式,Wide formatLong format

Wide format每一列为一个变量,更像常见的基因表达数据,比如每一行为一个基因,每一列为一个样品,适合于中规中矩的矩阵,可读性好。

Long format最简单的格式是两列,一列包含所有变量类型,如前面提到的样品,一列包含所有值。常见的基因表达矩阵从Wide format转换为Long format后有三列,一列为GeneID, 一列为样品名字,再一列 (通常为value)为基因表达值,表示对应基因在对应样品的表达量。这种格式方便程序处理,也适合不规则数据。

初使用此网站对输入数据结构不熟悉的用户,可以试用给出的默认输入数据,并仿照其格式编辑自己的数据。注意表格类输入数据要以tab分割。

绘图布局

绘图页面布局参照下图,提供数据和必选参数就可提交了。如果想更多调整布局和增加元素,可在对应版块针对性修改。成功绘出的图片会显示在页面下方,并提供下载功能。绘制完后,可继续调整参数,以使图满足需要。

线图

线图支持2种输入格式,基因表达趋势图使用常见的Wide format,只是样品为,基因为,在Excel中可以很轻松转置;如果有需要,后期也会提供在线处理功能。

Wide format没有必填的参数,输入数据后,直接点击Plot就可以出图了。

再复杂一点,增加标题、X-轴、Y-轴标题,调整图例位置和X轴旋转,就得到了右边的图。(黄色字体为对应参数,绿色文字为参数设置的值)

线图还支持长表格格式,需要特别注意的是value列是必须的,而且列的名字必须value。这种格式下有必填项需要指定哪一列作为X轴X-axis variable和哪一列做分组信息 (图例信息)Legend variable,同时需要指定X轴是数值类型Continuous还是字符串类型Discrete (数字可以做为数值处理,也可以作为字符串处理,根据图形意义的需要来选择)。然后就可以点击Plot出图了。

这个图还可以继续美化,比如增加垂线标记启动子区域,横轴改为生物含义的标示,线可在不违反趋势的条件下更圆润一些,更改线的颜色和排列顺序等。注意使用到的符号为英文符号,颜色可以是名字 (见首页颜色表),也可以是颜色代码 (颜色参数旁边有个调色板,可获取颜色代码,写入颜色设置框中)。

富集分析泡泡图

富集分析泡泡图只需要输入Long format的输入格式,也是之前推荐的富集分析工具去东方,最好用的在线GO富集分析工具GO、GSEA富集分析一网打进直接输出的格式。

输入数据后,必须填入的参数为X-轴类型X-轴信息所在列名字Y-轴信息所在列名字点的颜色变量大小变量,具体见下图标识 (黄色字体为对应参数,绿色为参数设置的值)或按网页提示填写即可,直接点击Plot就可以出图了。

若只有一组数据,X-axis variable一般选择GeneRatio (continuous variable);若有多组数据,X-axis一般选择SampleGroup (用于标识分组的列)。

这是另外一种情况,同时用上了GeneRatio作为X-axis variableSampleGroup作为Shape variable,并且改变了点的颜色等。

热图

热图的输入数据主要包括Data matrix (wide format)和Annotation matrix两部分(注释不是必须的)。

最简单情况下,只需要输入数据矩阵,点击Plot就可以出图了。

还可以选择是否需要按行或列聚类,X-轴标记倾斜角度,是否进行标准化和更改颜色。

颜色设置有多种方式,可以提供两个边界颜色 (white,blue (colortype设置为continuous,表示最小值为白色,最大值为蓝色,生成一系列的色阶));如果只有有限的数,想单独赋给颜色,可以选择colortypeDiscrete

另外一个重要功能是添加注释和更改注释项的颜色,添加注释比较简单,如果是行注释,那么文件的第一列与Data matrix的第一列内容一致;如果是列注释,文件第一列与Data matrix的第一行内容一致,其它的列根据分组信息自由标记就好。系统会自动给注释赋值颜色,通常都是足够使用的。

如果想自定义颜色,就复杂一些了,按图中的示例,连续型变量Count需要赋值一个颜色向量,表示对Count列的值从小到大颜色赋值为whitered。离散型变量Type,则需要对每个值分别指定颜色。TypeCount都是注释矩阵中的列名字,需要根据需要修改。如果是离散变量,每个值也需要修改。

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