R语言是比较常用的统计分析和绘图语言,拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor库,是学习生物信息分析的必备语言之一。

Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一,支持纯R脚本、Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。

Rstudio版本

Rsdutio分为桌面版和服务器版,桌面版可以在单机使用,服务器版可以从浏览器访问供多人使用。

服务器版安装好之后,访问地址为<服务器IP:8787>,用户名和密码为Linux用户的用户名和密码。

Rstudio version

Rstudio安装

R安装

Linux下安装

Rstudio安装前需要安装R,如果使用的是新版的操作系统。直接可以用sudo apt-get installl r-base 或者yum install r-base来安装。

若系统版本老,或没有根用户权限,则需要下载编译源码安装,最新地址为https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.0.tar.gz

具体编译方式为 (Linux下软件安装见 http://blog.genesino.com/2016/06/bash1):

# --enable-R-shlib 需要设置,使得其他程序包括Rstudio可以使用R的动态库
# --prefix指定软件安装目录,需使用绝对路径
./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib

# 也可以使用这个命令,共享系统的blas库,提高运输速度
#./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make
make install

Windows下安装

下载https://cran.r-project.org/bin/windows/双击就可以了。

Rstudio安装

Linux下安装服务器版

  • 安装参考 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/

    wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
    sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
    
  • 安装完之后的检测、启动和配置

    sudo rstudio-server verify-installation #查看是否安装正确
    sudo rstudio-server start ## 启动
    sudo rstudio-server status ## 查看状态
    sudo rstudio-server stop ## 停止
    ifconfig | grep 'inet addr' ## 查看服务端ip地址
    sudo rstudio-server start ## 修改配置文件后重启
    sudo rstudio-server active-sessions ## 列出活跃的sessions:
    sudo rstudio-server suspend-session <pid> ## 暂停session
    sudo rstudio-server suspend-all ##暂停所有session
    
  • Rstudio日志目录,方便查看错误信息:/var/log/rstudio-server/
  • 配置文件:
    • /etc/rstudio/rserver.conf

      www-port=8787 (default)
      www-address=0.0.0.0 (default)
      rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib
      rsession-which-r=/usr/local/bin/R
      
    • /etc/rstudio/rsession.conf

      • Timeout

        [user]
        session-timeout-minutes=30
        [@powerusers]
        session-timeout-minutes=0
        

Windows下安装桌面版

下载之后 (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/)双击安装,需要使用管理员权限,其它无需要注意的。

Rstudio 使用

Windows下桌面版直接双击打开即可使用,Linux服务器版访问地址为<服务器IP:8787>,用户名和密码为Linux用户的用户名和密码。

Rstudio 界面

Rstudio

Rstudio中新建或打开文件

如果是桌面版,直接就可以访问”我的电脑”去打开之前写过的脚本。如果是服务器版,可直接访问服务器上写过的脚本。Rstudio右下1/4部分可以切换目录,点击more,设置工作目录。可以上传本地的脚本到对应目录打开。

Rstudio.gif

Rstudio还有其它的功能,不过这些对我们初学使用已经足够了。后续会根据需要推出基于ggplot2作图的R入门介绍。

Reference

  • http://blog.genesino.com/2017/06/R-Rstudio