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bioBakery是NIH人类微生物组计划实施过程中开发的部分软件和使用教程的集合，主要由哈佛大学的Huttenhower实验室开发。提供了16S, 宏基因组，宏转录组分析的全部流程，并可以生成结果报告。

其主要工具如下(可单独安装，也可打包安装)：

这都是宏基因组和16S分析常用工具，软件使用请看宏基因组分析教程合集。

biobakery安装

下面4中安装方式，按需选择。

  1. 使用conda一个个安装，Conda安装方法。

  2. 使用Docker安装，docker run -it biobakery/workflows bash。Docker使用教程

  3. 使用Homebrew或Linuxbrew安装，brew install biobakery/biobakery/workflows。

  4. 使用pip安装(部分依赖包需要手动安装)，pip install biobakery_workflows。

biobakery数据库安装

# To install the full shotgun databases:
biobakery_workflows_databases --install wmgx

# To install the full 16s databases:
biobakery_workflows_databases --install 16s

16S分析流程

# All input files are located in the folder input and all output files will be written to the folder output_data.

biobakery_workflows 16s --input input --output output_data

这个分析流程与我们的培训扩增子有参无参和功能分析主体类似，而且我们在这个基础上做了比较多的拓展，可以获得更多定制分析结果。本课程也有配套视频在腾讯课堂https://bioinfo.ke.qq.com/, 欢迎观看。

16S DADA2分析流程

宏基因组流程

新一期的宏基因组课程开始了，2018年10月19-21日, 相约北京鼓楼，一起讨论宏基因组分析专题。内容涵盖这套流程，并且增加了无参宏基因组分析(bin)。

软件流程网址 https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/biobakery_workflows (后台回复 biobakery获取可点击的链接)

扩增子三步曲

宏基因组教程

宏基因组分析专题