哈佛大学宏基因组/16S分析流程 bioBakery

bioBakery是NIH人类微生物组计划实施过程中开发的部分软件和使用教程的集合,主要由哈佛大学的Huttenhower实验室开发。提供了16S, 宏基因组宏转录组分析的全部流程,并可以生成结果报告。

其主要工具如下(可单独安装,也可打包安装):

这都是宏基因组和16S分析常用工具,软件使用请看宏基因组分析教程合集

biobakery安装

下面4中安装方式,按需选择。

  1. 使用conda一个个安装,Conda安装方法

  2. 使用Docker安装,docker run -it biobakery/workflows bashDocker使用教程

  3. 使用HomebrewLinuxbrew安装,brew install biobakery/biobakery/workflows

  4. 使用pip安装(部分依赖包需要手动安装),pip install biobakery_workflows

biobakery数据库安装

# To install the full shotgun databases:
biobakery_workflows_databases --install wmgx

# To install the full 16s databases:
biobakery_workflows_databases --install 16s

16S分析流程

# All input files are located in the folder input and all output files will be written to the folder output_data.

biobakery_workflows 16s --input input --output output_data

这个分析流程与我们的培训扩增子有参无参和功能分析主体类似,而且我们在这个基础上做了比较多的拓展,可以获得更多定制分析结果。本课程也有配套视频在腾讯课堂https://bioinfo.ke.qq.com/, 欢迎观看。

16S DADA2分析流程

宏基因组流程

新一期的宏基因组课程开始了,2018年10月19-21日, 相约北京鼓楼,一起讨论宏基因组分析专题。内容涵盖这套流程,并且增加了无参宏基因组分析(bin)。

软件流程网址 https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/biobakery_workflows (后台回复 biobakery获取可点击的链接)

扩增子三步曲

宏基因组教程

宏基因组分析专题

CHENTONG
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积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

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