易生信系列课程 转录组，ChIP-seq，扩增子和宏基因组是从原始数据到分析结果的理论加实战型课程，课程安排内容饱满，时间紧张，是学习专业生信分析和解决实际问题的首选课程。这些课程适合零基础或者有一定分析经验的朋友学习，但都需要后续加强练习，基础越好，学的效果越好。不管什么课程，只想着靠3天就能学会，是不现实的。我们是希望通过3天时间，把整个分析过程和我们的分析经验糅合在一起，带领大家走一遍，节省需要自己摸索半年甚至多年的时间，后续再辅以视频和我们提供的全套流程脚本练习，1-2个月掌握问题不大。
作为对系列课程的补充，我们这次推出生物信息通识课，包含常见组学技术的原理、应用和概念，常见组学图形的解读和绘制，R语言基础，Windows下使用Linux命令快速提取数据和准备绘图所需的文件等，希望能为实验生物学家了解生信和生信初学者提供一个快速通道。
课程涉及主要内容如下：
生物信息基本知识和概念
- 生物信息是什么，能解决哪些问题，有哪些应用
- 高通量测序有哪些类型和应用，smRNA-seq，RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C，scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多为解决特定问题而生的技术。
- 不同代次高通量测序技术的原理和优缺点
- 从细胞和DNA结构阐释生信在解析生物分子调控中的应用
- 其它您想了解的生信知识 (可报名时提出，也可现场提出)
- CNS多组学文章2篇解读 (转录组、表观修饰组和突变组)
- CNS常见生物信息图形含义解读、适用范围和在线绘制
扩增子和宏基因组
- 扩增子和宏基因组研究基本概念
- 扩增子和宏基因组研究基本分析思路
- 扩增子和宏基因组研究图标解读
- 微生物物种和功能组成CNS文章套路解读
常见数据库使用
- 利用常见数据库挖掘基因的功能、表达模式和互作蛋白
- 从在线数据库获取细胞类型特异高表达的基因
- 在线数据库挖掘基因的转录因子调控信息和表观修饰信息
- 在线基因组浏览器加载公共数据解析多组学数据, 联合发布的转录组、表观修饰和三维结构数据查找基因的调控关系
常见本地软件使用
- Cytoscape绘制网络图
- Cytoscape绘制KEGG/Reactome通路图并进行表达属性可视化
- Cytoscape绘制转录调控网络和蛋白蛋白互作网络
- Cytoscape进行GO富集分析和可视化
- Cytoscape进行文献挖掘，探索基因功能
- GSEA本地软件使用和结果解读
- 其它软件后续补充
R语言基础和图形绘制，在线绘图和图形排版
- 在线绘图工具介绍
- 图形修改和排版
- R语言数据处理和绘图入门
生信Linux基础和常用软件介绍
- 生信软件安装基本概念和操作
- 生信Linux基础学习
- 在windows下如何利用简单命令转换文件格式，提取序列，ID匹配，为常用软件提供数据输入格式等
- 生信分析软件举例和适用范围介绍
当然，以上列出的也只是一部分内容，更多的还希望各位朋友踊跃提出，定制专属课程。
title: 转录组专题分析开课啦 author: ct layout: post categories:
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Bioinfo
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年11月16-18日北京鼓楼推出《转录组数据分析》专题培训第四期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个转录组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。
关于学习生物信息学分析的重要性，请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。
课程简介
请详细阅读课程简介，如果以下内容您全精通，不必参加此培训。
本课程一共3天，每天6节课，共18节课，全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、转录组设计、分析标准流程、差异基因分析、功能富集分析、及各类高级分析(差异剪接、WGCNA分析、通路图绘制等)，和CNS级图片修改排版。3天时间，老司机带您完成自学需要3个月甚至是1年的崎岖之路，助力您真正玩转转录组分析。
课程大纲
每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。
| 编号 | 主题 | 简介 |
|---|---|---|
| 11 | 转录组概述 | 转录组设计、应用、批次效应等 |
| 12 | 转录组分析流程简介 | 基于/不基于比对的分析流程讲演 |
| 13 | 转录组流程配置 | Linux下一键配置转录组分析工具集 |
| 14 | Salmon定量实战 | 不基于比对直接定量基因和转录本的表达 |
| 15 | STAR/HISAT2比对定量实战 | 比对定量和比对质量评估 |
| 16 | 转录组分析案例 | 转录组分析案例 |
| 21 | 二代三代测序原理介绍 | 建库测序过程及注意事项 |
| 22 | 差异基因分析 | DESeq2差异基因分析 |
| 23 | 富集分析 | GO/GSEA富集分析 |
| 24 | WGCNA分析 | 基因加权共表达网络分析 |
| 25 | Cytoscape绘制网络图 | Cytoscape绘制共表达网络和调控通路网络图 |
| 26 | 常见图表解读 | 常见图表解读和Illustrator制作CNS标准图版 |
| 31 | 基因表达资源数据库 | 在线查询多组织器官基因表达，癌症特意表达基因筛选 |
| 32 | 可变剪接分析 | 差异剪接分析 |
| 33 | 无参转录组组装和注释 | 无参转录组组装和注释 |
| 34 | 多组学分析示例讲解 | 多组学分析示例讲解 |
| 35 | 考试、圆桌论坛 | 自评学习效果、知识点回顾 |
| 41 | 答疑-线上 | 答疑、考试内容串讲 |
教程内容简介如下：
转录组的应用、设计和案例分享
- 转录组学研究技术介绍
- 转录组学实验设计和测序原则、注意事项
- 二代、三代测序过程和原理解析
- 转录组学文章案例分析
- 在线基因表达资源数1据库
转录组分析流程实战
- 转录组分析流程评估
- 测序数据质量评估和清洗
- 不基于比对的差异基因分析
- 基于比对的差异基因分析
- 转录本组装和选择性剪接分析
- 目标基因GSEA/GO富集分析
常见图表解读和图形编辑排版
在培训上，结合发表高水平文章，进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围，让你不仅读懂图，更知道如何应用于自己的研究，并亲自轻松完成绘图。
针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题，易生信团队针对常用16种图开发了免费绘图网站，一键出图，更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。
成果发表是科研过程中不可缺的一部分，发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。之前推出的文章发表图的修改和排版讲演了部分图形编辑和排版操作，本次培训也会实践从原始图形、到细节修饰再到排版发表的整个过程和注意事项。
转录组高级分析
- WGCNA基因共表达分析
- WGCNA基因、表型关联分析
- Cytoscape 共表达网络绘制
- 转录组常见图形在线绘制
- KEGG/Reactome通路图绘制，表达映射
- 基因互作的文献挖掘和数据库挖掘展示
生信基础知识
- Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用
- Linux/Windows下转录组分析流程的搭建
(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)
定制内容
如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现，也请提出，一起讲述。
如果您有其它关注的问题，也请报名时提出，把这次课程变成您的定制讲解。
120分的转录组试题来测试下
往期精彩回顾
主讲教师
陈同，博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。
刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇，SCI收录7篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇，关注人数2.3万人，累计阅读近300万次。
助教团队
十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
授课模式
本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：
- 第一阶段 3天集中授课；
- 第二阶段 自行练习2周；
- 第三阶段 在线直播答疑；
- 第四阶段 培训视频继续学习；
- 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。
培训时间
2018-11-16 到 2018-11-18 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：提前一天或者当天都可以
授课地点
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
课程价格
- 截止 2018-11-10 4199 元/人
- 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
- 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
课程福利
- 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
- 赠送程序基础课和对应课程往期视频课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
- 多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)
- 赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）
- 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈，截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券（可拆分供多个课程使用）
注意事项 *
- 需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统，4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台
- 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊
- 上课期间禁止录音，录像
- 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款
- 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)
- 不可先延期再退款 更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。
复制以下链接 http://www.ehbio.com/Training/ 或 点击阅读原文跳转报名页，成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！