生物信息通识课培训
易生信系列课程 转录组，ChIP-seq，扩增子和宏基因组是从原始数据到分析结果的理论加实战型课程，课程安排内容饱满，时间紧张，是学习专业生信分析和解决实际问题的首选课程。这些课程适合零基础或者有一定分析经验的朋友学习，但都需要后续加强练习，基础越好，学的效果越好。不管什么课程，只想着靠3天就能学会，是不现实的 (基础好除外)。我们是希望通过3天时间，把整个分析过程和我们的分析经验糅合在一起，带领大家走一遍，节省需要自己摸索半年甚至多年的时间，后续再辅以视频和我们提供的全套流程脚本练习，1-2个月掌握问题不大。
作为对系列课程的补充，我们这次推出生物信息通识课，包含常见组学技术的原理、应用和概念，R语言基础，Windows下使用Linux命令快速提取数据和准备绘图所需的文件，常见组学图形的解读和绘制等，希望能为实验生物学家了解生信和生信初学者提供一个快速通道。
课程涉及主要内容如下：
每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，(实际上课会有调整，理论和实战穿插调和)41为两周后的线上集中视频答疑。
| 编号 | 主题 | 简介 |
|---|---|---|
| 11 | 生物信息是什么 | 能解决哪些问题，有哪些应用 |
| 12 | 高通量技术概述 | 高通量测序应用的种类、概念、原理和用途介绍 |
| 13 | 不同代次高通量测序技术 | 原理和优缺点 |
| 14 | 组学和生物调控 | 案例解析 |
| 15 | 扩增子和宏基因组 | 基本概念和应用 |
| 16 | 扩增子和宏基因组 | 基本分析思路和图表解读 |
| 17 | 常见数据库使用介绍 | 多组学分析 |
| 21 | 绘制miRNA、基因、转录因子调控网络，菌群共存 | 公共数据库获取数据转换格式,文献挖掘 |
| 22 | KEGG/Reactome/GO通路图表达属性可视化 | Cytoscape,模式和非模式生物 |
| 23 | R语言基础知识 | 数据读取转换 |
| 24 | R语言绘制常见图形 | 见图 |
| 25 | R语言绘制常见图形 | 见图 |
| 26 | 绘制常见图形和排版 | 可自己提需求 |
| 27 | 分组、时间序列和数量性状GSEA | 原理、操作和结果解读 |
| 31 | Linux基础操作 | 常用命令解析，windows下操作 |
| 32 | Linux软件安装 | 服务器操作 |
| 33 | Sed,awk操作 | ID转换、文件格式转换 |
| 34 | Linux命令练习 | 准备常见绘图所需文件 |
| 35 | WGCNA基因共表达分析 | 表型关联 |
| 36 | 考试、圆桌论坛 | 自评学习效果、知识点回顾 |
| 41 | 答疑-线上 | 答疑、考试内容串讲 |
生物信息基本知识和概念
- 生物信息是什么，能解决哪些问题，有哪些应用
- 高通量测序有哪些类型和应用，smRNA-seq，RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C，scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多为解决特定问题而生的技术。
- 不同代次高通量测序技术的原理和优缺点
- 从细胞和DNA结构阐释生信在解析生物分子调控中的应用
- 其它您想了解的生信知识 (可报名时提出，也可现场提出)
- CNS多组学文章2篇解读 (转录组、表观修饰组和突变组)
- CNS常见生物信息图形含义解读、适用范围和在线绘制
扩增子和宏基因组
- 扩增子和宏基因组研究基本概念
- 扩增子和宏基因组研究基本分析思路
- 扩增子和宏基因组研究图标解读
- 微生物物种和功能组成CNS文章套路解读
常见分析和图形绘制
- 利用常见数据库挖掘基因的功能、表达模式和互作蛋白
- 从在线数据库获取细胞类型特异高表达的基因
- 在线数据库挖掘基因的转录因子调控信息和表观修饰信息
- Cytoscape绘制网络图
- Cytoscape绘制KEGG/Reactome通路图并进行表达属性可视化
- Cytoscape绘制转录调控网络和蛋白蛋白互作网络
- Cytoscape进行GO富集分析和可视化
- Cytoscape进行文献挖掘，探索基因功能
- GSEA本地软件使用和结果解读
- 其它软件后续补充
- 在线绘图工具介绍
- 文章发表图的修改和排版
- R语言数据处理和绘图入门
多组学数据分析
- 在线基因组浏览器加载公共数据解析多组学数据, 联合发布的转录组、表观修饰和三维结构数据查找基因的调控关系.
生信Linux基础
- 生信软件安装基本概念和操作
- 生信Linux基础学习
- 在windows下如何利用简单命令转换文件格式，提取序列，ID匹配，为常用软件提供数据输入格式等
- 生信分析软件举例和适用范围介绍
当然，以上列出的也只是一部分内容，更多的还希望各位朋友踊跃提出，定制专属课程。
(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)
往期精彩回顾
主讲教师
陈同，博士，2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所，生物信息专业博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。
刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇，SCI收录7篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇，关注人数2.3万人，累计阅读近300万次。
助教团队
十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
授课模式
本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：
- 第一阶段 3天集中授课；
- 第二阶段 自行练习2周；
- 第三阶段 在线直播答疑；
- 第四阶段 培训视频继续学习；
- 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。
培训时间
2018-12-14 到 2018-12-16 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：提前一天或者当天都可以
授课地点
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
课程价格
- 截止 2018-12-8 4199 元/人
- 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
- 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
- 课程连报有优惠，具体见报名网站
课程福利
- 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
- 赠送程序基础课和对应课程往期视频课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
- 多人 (N，10>N>1) 组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)
- 赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）
- 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈，截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券（可拆分供多个课程使用）
注意事项 *
- 需自备笔记本电脑，推荐使用win10系统，4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台
- 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊
- 上课期间禁止录音，录像
- 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款
- 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)
- 不可先延期再退款 更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。
复制以下链接 http://www.ehbio.com/Training/ 或 点击阅读原文跳转报名页，成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！
