扩增子课程培训

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在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年9月14-16日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习),“教—练—答—用”四个环节统一协调,真正实现独立分析大数据

关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》

课程简介

请详细阅读课程简介,如果以下内容您全精通,不必参加此培训。

本课程一共3天,每天6节课,共18节课,全部课程均理论与实战结合(只要课上讲的都是可以带你自己实现的分析)。从分析平台搭建、Linux和R基础、图表解读和实战、扩增子分析标准流程、功能预测、统计分析以及各类高级分析(进化树、网络、环境因子、机器学习等),和CNS级图片修改排版。3天时间,老司机带您完成自学需要3个月甚至是3年的崎岖之路,助力您真正玩转扩增子分析。

课程大纲

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。

编号 主题 简介
11 分析平台搭建 Win10:git、R、Rstudio、R包、STAMP、AI等
12 Linux基础 简介、优势、常用操作、序列处理等
13 R基础 发展史、生物学中应用、ggplot2绘图
14 图表解读 常用15种图表意义、使用场景
15 结果可视化 15种图表的数据整理和在线绘制
16 发表级图版制作 Adobe Illustrator制作CNS标准图版
21 扩增子介绍 背景知识、分析原理、流程参数详解
22 扩增子分析流程 Vsearch+Usearch跨平台最新分析流程
23 STAMP统计分析 玩转样本筛选、差异比较和统计图表保存
24 多样性分析 R语言实现多样性、物种组成和差异比较图表
25 统计学基础 常用统计知识、方法和R语言的实现
26 进化分析 序列筛选、比对、进化树构建和美化
31 PICRUSt功能预测 KEEG功能组成预测和统计绘图
32 Faprotax,Bugbase 细菌元素循环和表型层面功能挖掘
33 机器学习 随机森林分类回归,重现两篇Nature分析
34 网络分析 文章解读,实战网络分析和网络属性比较
35 环境因子 文章解读,高分文章重现
36 研究热点展望 总结、把握研究热点、展望技术发展趋势
37 考试50题 自评学习效果、知识点回顾
41 答疑-线上 答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下:

一、生信基础

还在为没有Linux服务器而无法分析扩增子数据而苦恼吗?其实你的个人电脑就是扩增子分析的利器。易生信团队独创实现了跨平台的分析流程,在大家的Windows笔记本上可以轻松实现扩增子领域的绝大多数分析,第一节课带你轻松在自己的本本上搭建数据分析平台。

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图1. 易生信首创基于Win10优化的扩增子分析流程,笔记本秒变大数据分析平台

推荐使用Windows10系统,8G内存分析更快更流畅。 我们也会带大家在Linux上配置整个分析流程 (Mac跟Linux类似,无做区别对待,但部分软件可能安装方式不同,未做深入测试,不建议参加培训时使用)。

同时讲解生物学家必要掌握的ShellR语言基础知识,保证你高效、稳定的使用扩增子分析平台。

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图2. Shell和R学习大纲,首创Rstuio中鼠标点击可完成Shell脚本和R语言分析,既打开生信的大门,又不会增加生物学家时间成本

二、图表解读和绘制专题

针对很多老师缺少系统的生信背景,看不懂分析文章图表,更对绘制各式图表手足无措的情况。

我们推出过如下两个系列,共16篇原创文章,对8种图型进行讲解和R语言绘图。

但这些只是入门,在培训上,我们将结合发表高水平文章,进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围,让你不仅读懂图,更知道如何应用于自己的研究,并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题,易生团队针对常用16种图开发了免费绘图网站,一键出图,更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

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图3. 16种常用图形的表达的意义、使用场景和绘制。可使用我们的在线绘图工具 <www.ehbio.com/ImageGP>实现。

为了让各种统计图片实现出版级的组图,特开设了一节Adobe Illustrator修图排版课,讲述基本使用技巧,轻松掌握精髓,让你文章图版档次向CNS看齐,轻松成为实验室的修图和拼图达人。

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图4. AI排版本子图为CNS出版级组图示例(Science, 2016封面文章)

三、扩增子理论和统计分析流程

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图5. 典型的扩增子结构模型图

  • 扩增子背景知识
  1. 背景:国际微生物组(人类HMP、环境EMP)计划、中国微生物组计划
  2. 研究对象:人、动物、植物、环境
  3. 研究方法:培养组学、扩增子测序 (最常用)、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏表观组等
  4. 宏基因组学的研究热点:微生物多样性、宏基因组、培养组、肠菌与疾病、MWAS
  5. 扩增子基本原理:细菌/古菌 16S、真菌18S/ITS结构、引物选择等
  6. 实验设计:样品制备和建库中的误区
  7. 文章套路:扩增子分析SCI文章的物种组成、功能预测常用套路
  8. 主流方法优缺点比较:QIIME、QIIME2、mothur、Usearch-unois3、dada2等方法
  • 扩增子分析流程

之前我们发布了基于QIIME(引用10000+)+Usearch(引用7000+)组合的史上最详细中文扩增子分析流程,累计阅读50000+。

同时在去年也推出了2018年正式接档QIIME的最新流程QIIME2的官方中文帮助文档,累计阅读3万+.

想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接点击上方链接学习。

但上面两种分析流程仍有很多缺点,如需要Linux服务器,安装和操作复杂,学习时间成本过高等不足。

易生信团队组织宏基因组、生信宝典的一线生信专家,为广大生物学家,定制了一套安装部署简单、鼠标点击编程、支持主流操作系统、学习成本低、又灵活的扩增子分析流程,助力生物学家轻松分析数据,更专注生物学现象的挖掘。

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图6. 扩增子分析流程金字塔,数据量从下向上逐渐减少

  • 扩增子流程如下:
  1. 实验设计的编写
  2. HiSeq/MiSeq数据的质控:fastqc, mulitqc
  3. 质控流程:双端序列合并、切除barcode和引物、质控
  4. 生成OTU/ESV:序列去冗余、聚类clust_otu(OTU)或去噪unoise3(ESV, Exact Sequence Variants)
  5. OTU筛选:嵌合体生成原理及去除方法、去除线粒体、叶绿体和宿主非特异扩增污染、生成代表性序列和OTU表
  6. 物种注释及进化树构建
  7. 常用Alpha多样性指数计算
  8. 常用Beta多样性距离矩阵计算

现在你可以在自己笔记本或台式机上轻松分析扩增子啦!并且支持最新的非聚类OTU的ESV方法,想自己亲自分析的朋友,快来北京参加9月扩增子专题培训班吧!这是今年最后一期,错过就要等明年了。

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引用过千次的STAMP绘制Extended barplot大家应该很常见,带你半小时速成。LEfSE引用超1700次,它的柱状图和圈图随处可见,但服务器超级难用,即上传痛苦,又要久等。我们为学员定制了专用国内服务器,随时为你服务。有服务器的伙伴还可以获得安装和使用的教程,在自己的服务器上用,不受网络和地域限制自己随时随便用。

图7. 常用宏基因组统计作图软件STAMP & LEfSe

四、可重复计算统计绘图

对于可重复计算要求比较高、对细节有进一步分析要求的学员,我们还会教大家当前最顶级的R语言统计分析框架,让你零基础轻松实现可重复计算,满足顶级文章的代码公开和网页可重复要求(这些资源在生信公司是价格几十万的绝密流程代码,一般人是没有机会见到的)。

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图8. 数10种高质量图的R源代码实现可重复计算

在自己电脑上轻松修改输入文件、参数。可全程记录分析过程,保证从数据到发表级图形的可重复计算,让团队分析水平上升到大牛级别。

  1. Alpha多样性各种指数:Shannon、Chao1、Observed OTU、PD whole tree等,并配合Anova,LSD统计;
  2. Beta多样性各种距离矩阵:Bray Curtis、Jaccard、Weighted Unifrac、Unweighted Unifrac等结果的树状图、箱线图、散点图展示样品间差异;并配合Adonis, Anosim, MRPP统计
  3. 有监督的主坐标轴分析 (CCA/RDA),展示组间差异,anova.cca统计
  4. DESeq/edgeR/t.test/wilcoxon统计组间差异,计算Pvalue和FDR
  5. 热图、曼哈顿图、火山图展示两组间比较差异分类单元或OTU/ESV
  6. 韦恩图、三元图、网络图展示两组及多组间相同与不同

五、功能预测和机器学习

学习PICRUSt分析原理、常用结果展示样式及文章解读。实战进行官网、本地、在线分析,并对结果进行整理,方便STAMP、LEfSe以及R分析。下图为预测结果经STAMP快速分析的展示的结果,学员可以在老师带领下35分钟内完成上以分析。

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图9. 功能预测结果使用STAMP统计和可视化

对于不满足用KEGG功能预测和统计结果的小伙伴,我们还进一步讲解FAPROTAX (2016, Science)的分析,适合研究环境、元素循环的同行;此外还有BUGBASE分析,实现细菌代谢、厌氧性、革兰氏分类等表型预测分析,适合医学领域的同行使用。

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图10. 重现两篇Nature文章机器学习分类和回归分析

上图:Wilck-2017-Nature,采用Adaboost进行分类和测试集验证准确率。
下图:Subramanian-2014-Nature,采用随机森进行回归、交叉验证、测试集检验模型准确率和热图展示特征OTUs时间序列变化。
高分文章离我们并不是遥不可及,在你的本本上,1个小时轻松重现每一个子图的分析和绘制。读懂这两类分析的结果。

六、网络和环境因子分析

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图11. 两组网络比较、以及网络属性比较(Wang-2018-Gut)

还以为随便画个网络就能当文章的主图吗?这个时代早已成为历史。现在的高分文章,至少要求多网络比较,标配网络属性比较。在这里有微生物所微生物网络研究方向的博士,带你进入网络的世界,四步走实现即美观又有意义的网络分析:读懂网络——绘制单个网络——绘制多个网络——网络属性比较及可视化。这么前沿的技术,估计世界范围内只有这里会教你。

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图12. 环境因子分析(Metcalf-2016-Science)

环境因子分析是很多研究的标准,常用的Vegan包引用过万次就知道它的重要性。但平时看到的图不是低分文章,就是不够美观。易生信团队精选Rob Knight团队2016年Science杂志中经典环境因子分析为例,让你的分析和可视化一步到位,向CNS看齐。

往期精彩回顾

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主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

陈同,博士,2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所,生物信息专业博士,在Cell Stem Cell(IF=22,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章,运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号,给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发于论文10余篇,SCI收录7篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇,关注人数2.3万人,累计阅读近300万次。

陈亮,博士。2010年毕业于鲁东大学生物技术专业,2017年于中国科学院微生物研究所获微生物学博士学位。目前就职于中国科学院微生物研究所病原微生物与免疫学重点实验室,生物信息和计算生物学研究组,任助理研究员,目前主要研究内容为微生物生态学、宏基因组学等方面的数据挖掘和分析。

周欣,中科院微生物硕博连续在读博士生(5年级),曾在加拿大农业与农业食品部-渥太华研究发展中心微生物生物信息研究组联合培养一年。熟悉高通量扩增子和宏基因组数据的处理及下游差异统计分析工作。目前主要研究方向为植物病害(土传病害)相关的微生物组学研究。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学:

  • 第一阶段 3天集中授课;
  • 第二阶段 自行练习2周;
  • 第三阶段 在线直播答疑;
  • 第四阶段 培训视频继续学习;
  • 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2018-09-14 到 2018-09-16 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:提前一天或者当天都可以

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 截止 2018-09-08 4199 元/人
  2. 名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

课程福利

  1. 座位按报名并缴费成功顺序从前到后龙摆尾式排序
  2. 赠送程序基础课和对应课程往期视频课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
  3. 多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)
  4. 赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)
  5. 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)

注意事项 *

  1. 需自备笔记本电脑,推荐使用win10系统,4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊
  3. 上课期间禁止录音,录像
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)
  6. 不可先延期再退款 更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

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复制以下链接 http://www.ehbio.com/Training/ 或 点击阅读原文跳转报名页,成为实验中不可或缺的人,赶快报名吧!

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积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

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Published on October 06, 2018