Cytoscape视频教程

Cytoscape已成为网络图绘制的核心工具,基因表达调控网络、蛋白互作网络、miRNA-gene调节关系、分析流程、组织架构等任何与网络、结构、层级有关系的事情都可以用Cytoscape来绘制。前期的教程中有Cytoscape的基本使用早期录制的Cytoscape视频教程, 含安装和基本使用等。

从上次录制视频,到现在Cytoscape也有了不少更新,个人对Cytoscape的体会也有了进步,更主要的是不少人反应之前的视频不够清晰,或实名或匿名 (匿名的都没回复)的联系我要清晰版。实际我也没有,不知道为啥传上去就不清晰了,这次录制了全屏版,希望效果能好些。

本次三个视频,截图不同的角度。

基本操作

利用一个简单的组织构建图展示Cytoscape的基本使用,导入网络、导入节点属性,更改点的形状、颜色,在点上插入图片、绘制饼图、柱状图、加入颜色条纹,点的手动对齐、横向分布等。

网络文件和节点属性文件都是正常矩阵格式,若有中文需使用UTF-8编码;若非EXCEL文件,不能有xls后缀。

miRNA-mRNA调控网络

Cytoscape可用于绘制基因共表达网络,这儿选取miRNA-gene调控网络 (含miRNA-gene表达相关性数据)做为例子,涉及到根据表达变化倍数对每个点进行着色、根据表达相关性对线进行着色、miRNA和靶基因采用不同的形状表示、微调获得合适的展示图形、结果导出PDF格式、导出图例等。

不同的布局的调试和修改

网络绘制根据网络图的大小、展示的用意可以选择合适的布局。Cytoscape提供了多种布局算法,具体见http://manual.cytoscape.org/en/stable/Navigation_and_Layout.html

下面列出几种示例

Attribute Circle Layout

属性环展示方式所有的节点都在环上,适用于点比较少的时候。环上点的顺序可以根据某一列来调整。

Group Attributes Layout

先按某一列的值对点进行分组,每个分组的点成为一个独立的环。在区分上下调基因时,可以按这个来分类,看不同类的基因的调控关系。

Prefuse Force Directed Layout

通常也可以获得比较好的结果,相连的点邻接,其它点较远。同时可以根据某一列设置边的强度作为连线的长度。

Compound Spring Embedder Layout

复杂网络适用这个,尤其是连线特别多时。

Edge-weighted Spring-Embedded Layout

所有的边视为连接2个节点的弹簧。每一个弹簧有一个松弛状态下的期望长度 (resting length)和压缩强度。算法会迭代所有的弹簧,并进行仿真模拟获得每个弹簧的最佳长度。是比较常用的一种,其获得结果也是一个环,但对空间的利用比下面两种要好。

yFiles Organic Layout

也是一种Spring-embeded的算法,可以展示网络图的聚类结构。

参考

  1. Cytoscape的基本使用
  2. 早期录制的Cytoscape视频教程, 含安装和基本使用
  3. http://blog.genesino.com/2012/04/cytoscape-basic-usage/
  4. http://manual.cytoscape.org/en/stable/Navigation_and_Layout.html
  5. https://www.slideshare.net/keiono/introduction-to-biological-network-analysis-and-visualization-with-cytoscape-part1
  6. 新出炉的Cytoscape视频教程
CHENTONG
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积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

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