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Linux系统下，软连接是我们常用来方便文件快速访问，节省空间，保证文件内容统一，简化环境变量设置的一个方式。使用起来也很简单 ln -s source target就可以搞定，但它总有调皮的时候。

文件目录结构如下所示，想把当前目录下的ehbio.fa链接到~/data目录下，按如下操作发现链接后的文件访问不了，提示符号连接的层数过多，仔细查看时原来是出现了一个自己指向自己的链接。问题出在建立软连接时源文件未使用全路径。

ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls
ehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio5.fa  ehbio6.fa  ehbio.fa  second.fa
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s ehbio.fa ~/data
ct@ehbio:~/ehbio_project$ less ~/data/ehbio.fa 
/home/ct/data/ehbio.fa: 符号连接的层数过多
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ~/data/ehbio.fa
lrwxrwxrwx 1 ct ct 8 6月  21 15:48 /home/ct/data/ehbio.fa -> ehbio.fa
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ~/data
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct   8 6月  21 15:48 ehbio.fa -> ehbio.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 2017 first.fa

正确方式是：pwd使用命令代替当前路径名，适合任何目录。

ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -sf `pwd`/ehbio.fa ~/data
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ~/data
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct  31 6月  21 16:00 ehbio.fa -> /home/ct/ehbio_project/ehbio.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 2017 first.fa

使用全路径名，尤其使用家目录 ~ 符号时，只限操作用户自身有效。另外不同用户之间建立软连接，需要考虑访问权限问题，任意一层目录都需要可读权限 (目录的可读为rx都有)。

关于软件安装和环境变量，我们之前有过介绍。当然最全的文档可以后台回复生信宝典福利第一波获取。这些内容中提到，如果觉得环境变量设置太繁琐了，那么建立一个目录比如~/bin，只需把这个目录放入环境变量 export PATH=~/bin:$PATH，以后新安装的软件，都把可执行程序软链到~/bin目录下，直接可用。

前几天这个使用方式竟然也出了个诡异的问题，比如运行bwa时，出现符号连接的层数过多，但是使用全路径运行无问题，说明不是bwa链接出错了。问题就应该是出在环境变量所包括的目录中了，确实是有个目录是软连接失效。