书不如思贵，意不可言传

教师节时, 我们推出了文章用图的修改和排版视频教程, 演示了如何利用Adobe Illustrator修改分析获得的矢量图和实验获得的标量图; 并整理了一系列的视频教程在生信宝典视频教程R TCGA Cytoscape。

在录制那期视频时, 翻阅了之前准备文章期间做的图形排版教程。当时每天都在不断的调整图和排版, 心得体会比现在更多些, 也录制了视频, 但是无声版, 录制完之后为EXE格式。如果您已观看过文章用图的修改和排版视频教程, 也自己操作过, 有了一定基础, 还想进一步的了解, 可以看看这份无声版的记录是否能有些帮助。

矢量图和标量图

矢量图是使用直线和曲线来描述图形, 这些图形的元素是一些点、线、矩形、多边形、圆和弧线等等, 它们都是通过数学公式计算获得的。矢量图形最大的优点是无论放大、缩小或旋转等不会失真；最大的缺点是难以表现色彩层次丰富的逼真图像效果。常见的矢量图有PDF, SVG, EPS等格式。如果图形中有文字, 并且文字可以复制, 则可初步判断为矢量图。

与矢量图相对应的就是标量图了, 常见的png, jpg, gif格式等, 是由像素点构成, 放大到一定程度会出现马赛克效果。图中的文字不可复制, 元素不可拆分。

矢量图的制作

常规图：
- Excel, 生成的图可以直接拷贝到AI里面修改
- R, Perl, Python等程序语言输出pdf, eps格式的图 (详见公众号中R作图系列)
常用工具的出图
- 二代测序出图 UCSC – PDF; IGV – SVG; epigenomegateway - SVG; 在高通量数据可视化文章中也有介绍
- Motif Weblogo - eps
- 作图软件 Graphpad

矢量图编辑工具

主要有 Gimp, Adobe illustrator, Inkscape, image magik, photoshop, latex。适用之后, 从稳定性还是易用性来讲, Adobe illustrator是最好的一款。但是是收费软件, 在线会有一些试用版, 供测试时用。

作图基本原则

图形中文字的字体保持统一, 一般使用Helevetica或Arial
符号一般使用Symbol字体, 常见符号有 ′, β等
Panel的字号(A,B,C,D)一般比其余的文字大一号, 上下左右对齐
文字特别密集的地方字体可适当缩小, 原则是看着协调
图和图之间的距离在空间允许的情况下尽可能的大

一篇文稿所有柱状图理论上柱子的宽度保持一致
柱状图的Error bar宽度一致
坐标轴上的刻度尺宽度, 长度一致
坐标轴的宽度、颜色一致
胶图的泳道对齐

作图中的要点注意

标准化, 便于位置调整
- 从最开始作图, 到文章投稿、修改、定稿, 中间会不断调整, 子图会根据文章需要不断删减, 调整位置。因此标准化之后, 就可以很简单的互换位置就可以了
- 每个子图的长宽尽量一致
- 每个相似子图内部元素的特征一致, 比如柱子的宽度 (6 mm), 柱子之间的距离, 坐标轴的刻度的宽度 (0.7 mm), 误差线的宽度 (1 mm), P-value连接线宽度 (6 mm), 胶图泳道的宽度等
合理利用对齐工具, 左右对齐、横向分布、纵向分布等, 即保证对齐效果, 又免去人为调整的繁琐
在选择单个元素时尽量使用直接选择工具
作图要做到自己满意, 自己对自己负责；当你觉得一个地方不合适需要调整时, 一定要及时修改；如果怕麻烦现在没调整, 过几天别人发现或自己觉得不舒服也还是会再调整的。所有要做好充足的准备和充足的工作
保留备份, 保留备份, 保留备份.每次大的修改都要保留原始版本, 因为不知道明天是否还会改回来