Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块，力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统，熟悉Linux下的文件和目录，文件操作， 文件内容操作。而且教程摒弃了完美操作，列举出常见错误和解决方式，管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。
在文件排序和FASTA文件操作中简述了awk和sed的使用，作为一个引子。本篇则详细列举关于awk常用的操作和一些偏门的操作。
awk基本参数解释
awk擅长于对文件按行操作，每次读取一行，然后进行相应的操作。
awk读取单个文件时的基本语法格式是awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{print $0, $1;}' filename。
读取多个文件时的语法是awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{print $0, $1;}ARGIND==2{}' file1 file2。
awk后面的命令部分是用引号括起来的，可以单引号，可以双引号，但注意不能与内部命令中用到的引号相同，否则会导致最相邻的引号视为一组，引发解释错误。
OFS: 文件输出时的列分隔符 (output field separtor)
FS: 文件输入时的列分隔符 (field separtor)
BEGIN: 设置初始参数，初始化变量
END: 读完文件后做最终的处理
其它{}：循环读取文件的每一行
$0表示一行内容；$1, $2, … $NF表示第一列，第二列到最后一列。
NF (number of fields)文件多少列；NR (number of rows) 文件读了多少行: FNR 当前文件读了多少行，常用于多文件操作时。
a[$1]=1: 索引操作，类似于python中的字典，在ID map，统计中有很多应用。
常见操作
- 针对特定列的计算，比如wig文件的标准化
ct@ehbio:~/sxbd$ cat ehbio.wig
variableStep chrom=chr2
300701 12.5
300702 12.5
300703 12.5
300704 12.5
300705 12.5
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{$2=$2*10^6/(2.5*10^6); print $0}' wig
tep chrom=chr2 0
300701 4.4
300702 4.8
300703 4
300704 4.8
300705 4.8
- 计算某列内容出现的次数。
ct@ehbio:~/sxbd$ cat count
ID Type
Pou5f1 Pluripotency
Nanog Pluripotency
Sox2 Neuron
Tet1 Epigenetic
Tet3 Epigenetic
Myc Oncogene
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR>1) a[$2]+=1;}END{print "Type\tCount"; for(i in a) print i,a[i];}' count
Type Count
Neuron 1
Epigenetic 2
Oncogene 1
Pluripotency 2
# 这个也可以用下面方式代替，但不直接
ct@ehbio:~/sxbd$ tail -n +2 count | cut -f 2 | sort | uniq -c | sed -e 's/^ *//' -e 's/ */\t/'
2 Epigenetic
1 Neuron
1 Oncogene
2 Pluripotency
- 之前也提到过的列操作，从GTF文件中提取启动子区域
sed 's/"/\t/g' GRCh38.gtf | awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if($3=="gene") {ensn=$10; symbol=$16; if($7=="+") {start=$4-1; up=start-1000; if(up<0) up=0; dw=start+500; print $1,up, dw, ensn, symbol, $7;} else if($7=="-") {start=$5-1; up=start+1000; dw=start-500; if(dw<0) dw=0; print $1,dw,up,ensn,symbol,$7}}}' | sort -k1,1 -k2,2n >GRCh38.promoter.bed
- 数据矩阵的格式化输出
ct@ehbio:~/sxbd$ cat numertic.matrix
ID A B C
a 1.002 1.234 1.999
b 2.333 4.232 0.889
ct@ehbio:~/sxbd$ awk '{if(FNR==1) print $0; else {printf "%s%s",$1,FS; for (i=2; i<=NF; i++) printf "%.1f %s", $i, (i==NF?RS:FS)}}' numertic.matrix
ID A B C
a 1.0 1.2 2.0
b 2.3 4.2 0.9
- 判断FASTQ文件中，输出质量值的长度与序列长度不一致的序列ID
zcat Test_2.fq.gz | awk '{if(FNR%4==1) ID=$0; else if(FNR%4==2) seq_len=length($0); else if(FNR%4==0) {quality_len=length($0); if(seq_len!=quality_len) print ID; }}'
- 筛选差异基因
ct@ehbio:~/sxbd$ cat de_gene
ID log2fc padj
A 1 0.001
B -1 0.001
C 1 0.001
D 2 0.0001
E -0.51 0.051
F 0.1 0.1
G 1 0.1
ct@ehbio:~/sxbd$ awk '$3<0.05 || NR==1' de_gene
ID log2fc padj
A 1 0.001
B -1 0.001
C 1 0.001
D 2 0.0001
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene
ID log2fc padj
A 1 0.001
B -1 0.001
C 1 0.001
D 2 0.0001
- 筛选差异基因存储到不同的文件
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"; up="up"; dw="dw";}{if(FNR==1) {print $0 >up; print $0 >dw;} else if ($3<0.05) {if ($2>=1) print $0 >up; else if($2<=-1) print $0 >dw;}}' de_gene
ct@ehbio:~/sxbd$ head up dw
==> up <==
ID log2fc padj
A 1 0.001
C 1 0.001
D 2 0.0001
==> dw <==
ID log2fc padj
B -1 0.001
- ID map，常用于转换序列的ID、提取信息、合并信息等
ct@ehbio:~/sxbd$ cat id_map
ENSM Symbol Entrez
ENSG00000280516 TMEM42 693149
ENSG00000281886 TGM4 7047
ENSG00000280873 DGKD 8527
ENSG00000281244 ADAMTS13 11093
ENSG00000280701 RP11-272D20.2
ENSG00000280674 ZDHHC3 51304
ENSG00000281623 Y_RNA
ENSG00000280479 CACFD1 11094
ENSG00000281165 SLC2A6 11182
ENSG00000281879 ABO 28
ENSG00000282873 BCL7A 605
ENSG00000280651 AC156455.1 100506691
ct@ehbio:~/sxbd$ vim ensm
ct@ehbio:~/sxbd$ cat ensm
ENSG00000281244
ENSG00000281165
ENSG00000282873
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{if(FNR>1) ensm2entrez[$1]=$3;}ARGIND==2{print ensm2entrez[$1];}' id_map ensm
11093
11182
605
# 替代解决方案，注意 -w的使用，避免部分匹配。最稳妥的方式还是使用awk。
ct@ehbio:~/sxbd$ grep -w -f ensm id_map | cut -f 3
11093
11182
605
- 转换大小写,
toupper,tolower
ct@ehbio:~/sxbd$ cat symbol
Tgm4
Dgkd
Abo
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}ARGIND==1{if(FNR>1) ensm2entrez[$2]=$3;}ARGIND==2{print ensm2entrez[toupper($1)];}' id_map symbol
7047
8527
28
- awk数值操作
# log2对数
awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{print log($0)/log(2)}' file
# 取整,四舍五入
awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{print int($1+0.5);}' file
- awk定义函数
awk 'function abs(x){return ((x < 0.0) ? -x : x)}BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{pos[1]=$1;pos[2]=$2;pos[3]=$3;pos[4]=$4; len=asort(pos);for(i=len;i>1;i--) print abs(pos[i]-pos[i-1]);}' file
- 字符串匹配
ct@ehbio:~/sxbd$ cat ens.bed
1 100 105
2 100 105
3 100 105
Mt 100 105
X 100 105
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if($1~/^[0-9XY]/) $1="chr"$1; else if($1~/M.*/) gsub(/M.*/, "chrM", $1); print $0}' ens.bed
chr1 100 105
chr2 100 105
chr3 100 105
chrM 100 105
chrX 100 105
- 字符串分割
ct@ehbio:~/sxbd$ cat trinity_id
Trinity_C1_g1_i1
Trinity_C1_g1_i2
Trinity_C1_g1_i3
Trinity_C2_g1_i1
Trinity_C3_g1_i1
Trinity_C3_g3_i2
ct@ehbio:~/sxbd$ awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{count=split($1, geneL, "_"); gene=geneL[1]; for(i=2;i<count;i++) gene=gene"_"geneL[i]; print gene,$1;}' trinity_id
Trinity_C1_g1 Trinity_C1_g1_i1
Trinity_C1_g1 Trinity_C1_g1_i2
Trinity_C1_g1 Trinity_C1_g1_i3
Trinity_C2_g1 Trinity_C2_g1_i1
Trinity_C3_g1 Trinity_C3_g1_i1
Trinity_C3_g3 Trinity_C3_g3_i2
- awk脚本
cat <<END >grade.awk
f ( avg >= 90 ) grade="A";
else if ( avg >= 80) grade ="B";
else if (avg >= 70) grade ="C";
else grade="D";
END
awk -f grade.awk grade
- awk给每行增加行号，使其变为唯一
awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}NR!=1{$4=$4"_"NR;print $0}' file
糅合操作
- awk中执行系统命令 (注意引号的使用)
# 系统命令组成字符串，交给system函数运行
awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{system("mv "$1".fq "$2".fq");}' input_mat
- awk 引用系统变量
ct@ehbio:~/sxbd$ echo 1 | awk -v ehbio="shengxinbaodian" -v ehbio2="SXBD" '{print ehbio, ehbio2;}'
shengxinbaodian SXBD
学会了基本命令，生信分析中还有一大块是使用已经安装好的工具，针对软件安装中遇到的问题，推出了系列文章：环境变量和可执行属性彻底释义环境变量的概念；列举出Linux下软件安装的各种方法，并针对Docker和Conda分别发文介绍。
生信宝典
生信宝典，生物信息学习系列教程，转录组，宏基因组，外显子组，R作图，Python学习，Cytoscape视频教程
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