Linux学习 - sed使用

sed基本参数解释

sed是stream editor的简称,擅长对文件进行各种正则操作、插入操作、替换操作和删除操作,可以全局,可以指定特定范围的行或者特定特征的行。

s/pat/replace/: 正则替换

前插行i, 后插行a, 替换行c, 删除行d, 输出行p

N: 读入下一行,同时存储;n:读入下一行,抛弃当前行

常见操作

  • 替换特定的文本
ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/' mat 
ID	2_cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/g' mat 
ID	2_cell	4_cell	8_cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
  • 获得逗号分隔的一组数
ct@ehbio:~/SXBD$ echo `seq 1 10` | sed 's/ /,/g'
1,2,3,4,5,6,7,8,9,10
  • 针对指定行替换
ct@ehbio:~/SXBD$ sed '2,$ s/_[0-9]//g' mat 
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1	2	3	4	5
Nanog	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1	2	3	4	5
  • 替换特定出现位置
# 替换第一个空格
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/1' mat 
ID	2_cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
# 替换第二个空格
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/2' mat 
ID	2 cell	4_cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
# 替换第二个及以后的空格
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/ /_/2g' mat 
ID	2 cell	4_cell	8_cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
  • 给序列起名字
ct@ehbio:~/SXBD$ cat seq
ACDGTFGGCATGCDTGD
ACDGAGCDTAGCDGTA
CAGDTAGDCTADTG
ct@ehbio:~/SXBD$ sed = seq
1
ACDGTFGGCATGCDTGD
2
ACDGAGCDTAGCDGTA
3
CAGDTAGDCTADTG
# 同时缓冲两行,但只对第一行行首操作
ct@ehbio:~/SXBD$ sed = seq | sed 'N;s/^/>/;'
>1
ACDGTFGGCATGCDTGD
>2
ACDGAGCDTAGCDGTA
>3
CAGDTAGDCTADTG
  • 给文件增加标题行
ct@ehbio:~/SXBD$ tail -n +2 mat | sort -k2,2n
c-Myc	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
Pou5f1_1	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5

# 1 表示第一行
# i 表示插入,在指定行前面插入新行
ct@ehbio:~/SXBD$ tail -n +2 mat | sort -k2,2n | sed '1 i ID\t2_cell\t4_cell\t8_cell\tembryo'
ID	2_cell	4_cell	8_cell	embryo
c-Myc	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
Pou5f1_1	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
  • 提取特定或指定范围的行
# -n是必须的,阻止程序自动输出匹配行,不然会导致重复输出
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '2,4p' mat
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '4p' mat
c-Myc	2	3	4	5
  • 提取符合特定模式的行
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '/_/ p' mat
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
Tet1_3	2	3	4	5
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -n '/-/ p' mat
c-Myc	2	3	4	5
  • 去除文件中的空行
ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5

c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
# 空行就是只有行首和行尾的行
ct@ehbio:~/SXBD$ sed '/^$/d' mat 
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
  • 原位删除
ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5

c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5

# -i 参数的使用
ct@ehbio:~/SXBD$ sed -i '/^$/d' mat 
ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
  • 删除指定范围的行
ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
Pou5f1_1	2	3	4	5
Nanog_1	2	3.2	4.3	5
c-Myc_2	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5

ct@ehbio:~/SXBD$ sed '2,3d' mat
ID	2 cell	4 cell	8 cell	embryo
c-Myc_2	2	3	4	5
Tet1_3	2	3	4	5
  • 记忆匹配

\(\)启动记忆匹配;\1为第一个匹配项,\2为第二个匹配项;匹配项的计数根据左括号出现的位置来定,第一个(包括起来的为\1

ct@ehbio:~/SXBD$ echo "hah ehbio hah" | sed 's/ \(.*\) /\t\1\t\1\t/'
hah	ehbio	ehbio	hah
  • 奇偶数行处理
ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven"
odd
even
odd
even

# 奇偶数行合并
ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed 'N;s/\n/\t/'
odd	even
odd	even

# 取出偶数行,比较简单
# 注意 n (小写)撇掉了奇数行
ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed -n 'n;p'
even
even

# 取出奇数行
# 先都读进去,然后替换偶数行为空值,再输出
ct@ehbio:~/SXBD$ echo -e "odd\neven\nodd\neven" | sed -n 'N;s/\n.*//;p'
odd
odd
  • Windows/Linux换行符困境

Windows下的换行符是\r\n, Linux下换行符是\n, MAC下换行符是\r。所以Windows下的文件拷贝到Linux后,常会出现行尾多一个^M符号的情况,从而引起匹配或其它解析问题。

^M的输是 ctrl+v+M ctrl+v;ctrl+m,不是简单的输入^,再输入M

ct@ehbio:~/SXBD$ cat -A windows.txt 
ID^M$
A^M$
B^M$
C^M$
ct@ehbio:~/SXBD$ sed 's/^M//' windows.txt | cat -A
ID$
A$
B$
C$
  • sed中使用bash变量
# 注意双引号的使用
ct@ehbio:~/SXBD$ bash_variable='ehbio'
ct@ehbio:~/SXBD$ echo "sheng xin bao dan " | sed "s/$/$bash_variable/"
sheng xin bao dan ehbio

正则表达式不同语言略有差别,但整体相近,更多正则操作见:不用Linux也可以的强大文本处理方法

CHENTONG
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积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

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