R 学习 - 功能富集泡泡图
功能富集泡泡图
功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路，对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用，也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过，这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的，也是比较抓人眼球的。
做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选clusterProfiler http://mp.weixin.qq.com/s/9M3lprc3rL6XII3ffpDHAw，Y叔的良心之作，数据集更新及时，结果准确，自带语义分析合并相似条目、出图漂亮。
但有时出来的结果还需要进行一些筛选处理然后重新绘图，本文就介绍下如何根据clusterProfiler的输出结果绘制富集分析图。本文虽主推clusterProfiler, 但绘图方法适用于所有富集分析的输出结果。
一步绘制富集分析图
假设有这么一个富集分析结果矩阵 (文件名为GOenrichement.xls) 存储了EHBIO样品和Baodian样品中各自上调的基因富集的通路。
- Description 为GO通路的描述，也可以是KEGG通路。
- GeneRatio 为对应通路差异基因占总差异基因的比例，本列可以用分数或小数表示，都可以处理。
- qvalue 表示对应通路富集的显著性程度，可以是log处理过的，也可以是原始的。
- Count 为对应通路差异基因数目。
- Type 这个矩阵合并了EHBIO样品和Baodian样品中各自上调的基因富集的通路，用Type列做区分。如果只有一个样品可不要。
- 考虑到手机屏幕小能显示的字符有限，只保留了输出结果中用到的列，实际使用时，整个输出结果文件可以作为输入，不相关的列会忽略掉，不影响出图。
Description GeneRatio qvalue Count Type
ERBB signaling pathway 7/320 0.001836081 7 EHBIO_up
regulation of ERBB signaling pathway 5/320 0.003886659 5 EHBIO_up
negative regulation of cell cycle G1/S phase transition 4/320 0.016153254 4 EHBIO_up
Wnt signaling pathway 13/320 0.01680096 13 EHBIO_up
cell-cell signaling by wnt 13/320 0.0171473 13 EHBIO_up
negative regulation of cell cycle process 8/320 0.019453085 8 EHBIO_up
extrinsic apoptotic signaling pathway 9/320 0.024164034 9 EHBIO_up
positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway 4/320 0.025708228 4 EHBIO_up
cell cycle G1/S phase transition 7/320 0.035797856 7 EHBIO_up
negative regulation of apoptotic signaling pathway 8/320 0.038684745 8 EHBIO_up
regulation of Notch signaling pathway 4/320 0.041592045 4 EHBIO_up
regulation of cell cycle G1/S phase transition 5/320 0.047407619 5 EHBIO_up
negative regulation of BMP signaling pathway 3/320 0.049460847 3 EHBIO_up
regulation of ERK1 and ERK2 cascade 14/342 0.000629602 14 Baodian_up
positive regulation of cell adhesion 17/342 0.000827275 17 Baodian_up
ERK1 and ERK2 cascade 14/342 0.001086508 14 Baodian_up
regulation of cell growth 17/342 0.002228511 17 Baodian_up
positive regulation of cytoskeleton organization 10/342 0.004406867 10 Baodian_up
regulation of cell-cell adhesion 15/342 0.005075219 15 Baodian_up
regulation of cytoskeleton organization 15/342 0.019685646 15 Baodian_up
negative regulation of Notch signaling pathway 3/342 0.020578211 3 Baodian_up
neuron apoptotic process 10/342 0.040284925 10 Baodian_up
绘图用到的脚本名字为sp_enrichmentPlot.sh, 首先看看它的使用方法和出图效果。
单样品分开绘制
示例矩阵中包含两个样品上调基因的富集通路，现在先取出一个样品绘制。
- Linux命令不熟悉的去生信宝典文章集锦中查看Linux学习指南
grep -v 'Baodian_up' GOenrichement.xls >GOenrichement.ehbio.xls
# -f: 指定输入文件，格式如上面描述
# -o: 指定横轴的变量，单个样品一般选择GeneRatio或样品名字
# -T: 指定横轴变量的类似，是字符串还是数值
# -v: 指定Y轴显示的内容，一般为富集条目的描述
# -c: 指定用哪一列设置颜色展示，一般为qvalue或p.adjust
# -s: 指定用哪一列设置点的大小，一般为Count
# -l: 指定某一列进行对数操作，一般选qvalue列；如果已做过对数操作，则忽略
# -a: 设置图片输出高度
# -x, -y: 设置横轴和纵轴标题，注意多个单词需要引号括起来
sp_enrichmentPlot.sh -f GOenrichement.ehbio.xls -o GeneRatio -T numeric -v Description -c qvalue -s Count -l qvalue -a 12 -x "GeneRatio" -y "GO description"
如果不想展示GeneRatio也可以。
# -o: 指定横轴的变量，单个样品一般选择GeneRatio或样品名字
# -T: 如果是样品名字，指定为字符串
sp_enrichmentPlot.sh -f GOenrichement.ehbio.xls -o Type -T string -v Description -c qvalue -s Count -l qvalue -a 12 -x "Sample" -y "GO description"
多样品合并绘制
# 多出来的参数是-S用来指定样品分组，不同类型的基因的富集分析用不同的形状表示
sp_enrichmentPlot.sh -f GOenrichement.xls -o GeneRatio -T numeric -v Description -c qvalue -s Count -l qvalue -a 12 -x "GeneRatio" -y "GO description" -S Type
通过这张图解释下，富集分析的结果怎么解读。富集分析实际是查找哪些通路里面包含的差异基因占总差异基因的比例显著高于通路中总基因占所有已经注释的基因的比例。这一显著性通常用多重假设检验矫正过的pvalue(又称qvalue, FDR或p.adjust)来表示。在图中体现为点的颜色。从绿到红富集显著性逐渐增高。点的大小表示对应通路中包含的差异基因的数目。点的形状代表了不同类型的基因，如EHBIO中上调的基因和Baodian中上调的基因。横轴表示对应通路包含的差异基因占总的差异基因的比例, 本图中最高不过5%, 这个值越大说明通路被影响的越多。
如果不想展示GeneRatio也可以。
# 跟单个样品不显示GeneRatio的命令一样，不同的样品分列展示。
sp_enrichmentPlot.sh -f GOenrichement.xls -o GeneRatio -T numeric -v Description -c qvalue -s Count -l qvalue -a 12 -x "GeneRatio" -y "GO description" -S Type
今天先到这，明天再对用到的R代码进行解读。需要绘图脚本的，还是请帮助转发下，谢谢。
有了clusterProfiler富集分析神器，又有了enrichmentPlot.sh一键绘图工具，得到了好的结果，是不是就能发出好文章呢？ 看上去差不多了，实际在有一个好的平台，发大文章，拿千万奖金的机会就来了。
有这么一个人，有着骆驼般的耐力，三观端正 （五官不可描述），简称骆观正。端正在以下三方面，
- 年少痴情，为了爱人，徒步南京
- 年青有为，一篇JBC解密体细胞重编程机理，一篇Cell开创甲基化修饰新领域
- 年富力强，曾经的控球后卫，犹如魔术师约翰逊，灵巧多姿；现在的中山大学博导，冉冉升起的表观新星
还有两观令人发指
- 舍得给钱，博士后12-16万，特聘副研19-25万，而且还有数不清的绩效
- 舍得给名，发表论文共通讯，并有教授直通车机会
骆教授毕业于中科院遗传所王秀杰老师实验室 (说到这儿，就知道我为啥推荐他了)，后随RNA表观修饰开创者芝加哥大学何川教授进行博士后研究。2年内一作出品Cell, Nature Review, Nature Communications等多篇高水平论文，专注于RNA甲基化m6A和新型的DNA修饰6mA的研究。
回国后，居安思危，开拓进取
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继续DNA甲基化6mA的功能研究，已有数据支持其与核小体存在互作，辅之以6mA reader的发现，又是一个有深远影响的科研成果和一篇领域的硬通货。
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研发低样本量的单碱基RNA修饰识别技术，推动RNA修饰在早期胚胎和肿瘤中的研究，看看最近早期胚胎中DNA甲基化和组蛋白甲基化的CNS频出，就知道这是一个人神向往的领域。RNA修饰的独特性，使得只有部分实验室有这个能力去做，你来，机会就是你的。
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CAS9这几年一直很火，应用CAS9改变DNA或RNA的m6A修饰对主动研究这些修饰的调控功能具有重要的科研意义和疾病的诊治意义。之前有报道miRNA可以调控RNA上的m6A甲基化修饰，后续CAS9的跟进将会促进DNA/RNA修饰编辑的研究和拓展。
招兵选将，再创辉煌
- 分子生物学/生物化学方向博士后和特聘副研究员各一名
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生物信息学方向博士后和特聘副研究员各一名
- 特聘副研究员：要求博士毕业3年以内，有两项以上学术成果
- 博士后：要求应届博士毕业，有至少一项学术成果
工资根据之前的研究基础和经历来定。合同为年薪制，博士后年薪12至16万，特聘副研究员19-25万。优秀者可有独立办公室，发表论文与合作导师共享通讯作者。
注：以上待遇为基本待遇，实验室将根据情况提供绩效奖励等。专职科研人员无明确教学任务，可申请各类科研项目，优秀者在聘期结束后或聘期内可直接申报学校的教授/副教授位置。
请将详细简历（包括学历、工作经验、发表文章等）通过电子邮件发至：luogzh5@mail.sysu.edu.cn请注明职位申请。
本招聘启事长期有效。
Reference
- http://blog.genesino.com//2017/07/enrichmentPlot
