生信宝典文章集锦
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出来,却把握不住对还是错。
学习生信从来就不是一个简单的事,需要做好持久战的心理准备。
在学习时,我们都希望由浅入深的逐步深入,不断地练习和实践,这就是为什么我们需要一本书,因为书很系统。但生信发展的历史短于计算机编程的历史,如果想要一门程序设计的入门数据,每种语言都可以找到几本。但想要一个囊括生信的书,就有些难了。本身生信跨领域,需要多学科的知识,而其内部又有不少分子,都囊括了太大,包括的少又有些隔靴搔痒的感觉。
我们当时都是零基础下自学Linux, 自学Python,自学R,自学高通量测序;这些学习经历,之前都零星地记录在博客里。现在回头去看几年前自己记录的东西,觉得好简单,而当时却费了很大的力气。这些零星的随手记,当时也只是为了自己看,到现在确实只有自己能看得懂,不便惠及更多的人。
因此我们创建了生信宝典,希望从不同的角度传播知识。这个不同有三点含义,一是形式上的不同,摒弃之前主编们单人作战想写啥就写啥,而是有组织有计划的内容聚合,提供一系列的教程,由入门到提高。二是内容的不同,不去用网上现有教程的通用数据做例子,而是拿实际生物数据,讲述如何解释生信中普遍碰到的问题,讲述如何处理自己的数据。三是立足点不同。在写作时,我们回到了当年,在回忆中用整个阶段的学习去指导当初的那个小白,从那些会了的人觉得微不足道而不会的人又迈不过的坎入手,直击痛点。知识点的收录依据不是是否炫酷,是否难,而是是否必要。如果必要,再简单,也要提及;如果不必要,再炫酷,也暂不纳入。
通过大量的生信例子、关键的注释和浓缩的语句形成下面的一系列学习教程。每一篇内容都不多,可以当做小说阅读,也可以跟着去练,反复几遍,每读一次都会有不同的收获和体会。
征稿:诚邀广大同行分享学习经验、心得体会、成果文章解读,即有利于交流和宣传,又提高自身的影响和文章的引用推广;欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。(诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑)
生物信息学包含生物数据分析、数据可视化、重复工作程序化,是生物、医学科研必备的技能之一。生信宝典精心组织生信学习系列教程、生信工具精品教程,通过大量的生信例子、关键的注释、浓缩的语句和录制的视频帮助快速掌握生信知识。
更多知识敬请扫码关注,还有PDF教程可以领取。
注:下面为往期文章目录集合,所有蓝字均为文章链接,点击阅读原文
教程合集
- 生信宝典-Linux教程.pdf (微信公众号后台回复 生信宝典福利第一波)
- 生信宝典Py3_course.pdf
- 生信宝典-R学习教程.pdf
加拿大生信课程
- 国外生信教程免费领 加拿大生信开源学习资源Bioinformatics.ca
- Bioinformatics_for_Cancer_Genomics
- Informatics_on_High-Throughput_Sequencing_Data
- Informatics_for_RNA-Seq_Analysis
- Analysis_of_Metagenomic_Data
- Informatics_and_Statistics_for_Metabolomics
- Bioinformatics_of_Genomic_Medicine
- Epigenomic_Data_Analysis
- Pathway_and_Network_Analysis_of_omics_Data
- Infectious_Disease_Genomic_Epidemiology
Illumina测序应用手册
系列教程
- 生物信息之程序学习
- 关于编程学习的一些思考
- 该如何自学入门生物信息学
- 生信宝典视频教程
- 转录组分析的正确姿势
- 收藏 你想要的生信学习系列教程-宝典在手,生信无忧
- 生信的系列书籍
- 文章用图的修改和排版 (1)
- 文章用图的修改和排版 (2)
- 简单强大的在线绘图
- 简单强大的在线绘图-升级版
- 简单强大的在线绘图-第3版
- 论文图表基本规范
- 学术图表的基本配色方法
- 数据可视化基本套路总结
- 英语写作常见错误总结和学习视频
- 教育部推出首批490门”国家精品在线开放课程”
- 你该知道的杂志分区和影响因子及最新表格下载
- 你和PPT高手之间,就只差一个iSlide
- 推荐 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神
- 史上最全的图表色彩运用原理
- 生信宝典一周年福利第一波 - 电子书赠送
- 测序发展史:150年的风雨历程
- 生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得
- 别再让投稿信耽误你发稿啦!(附cover letter模板)
- 生物信息学数据库分类概览 (第一版)
- 跟Cell editor学做scientific presentation (25个判断标准,18个不能做,8个建议)
- 一文掌握GSEA,超详细教程
- 看人家的导师,不需要做实验,居然发表了27篇Cell,Cancer Cell,Immunity等高水平文章
- Web of stories - 听大师讲故事
- 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
- 什么,你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙?
蛋白质组学研究
转录组研究
- 39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)
- 39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具大比拼 (完整翻译版))
- 无参转录组分析工具评估和流程展示
- 120分的转录组试题(第一份答案)
- 120分的转录组试题(第二份答案)
- 120分的转录组试题(第三份答案)
- DESeq2差异基因分析和批次效应移除
- 美女教授带你从统计学视角看转录组分析
- 整合QC质控结果的利器——MultiQC
- 自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以
- NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估
- NGS基础 - 高通量测序原理
- NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
- NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
- NGS基础 - 测序原始数据下载
- Illumina测序仪比较和各种测序应用模式图,助力了解高通量测序
- 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?
- 本地安装UCSC基因组浏览器
- 测序数据可视化 (一)
- IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据
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- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2
- 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 3
- 测序文章数据上传找哪里
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- GSEA富集分析 - 界面操作
- 无需写代码的高颜值富集分析神器
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- 一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器
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单细胞系列教程
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- Science: 小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标
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[Science:通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 很好的单细胞分析案例](https://mp.weixin.qq.com/s/n-MIhxMLL7wF-PyePJO6gg) -
[Nature 首次对阿尔茨海默病进行单细胞转录组分析 详细解读](https://mp.weixin.qq.com/s/HikKX2Z2hpBvfEl3CsLjkA) - Cell 深度 一套普遍适用于各类单细胞测序数据集的锚定整合方案
- 骨髓基质在正常和白血病个体中的细胞图谱 Cell,Nature联袂解析
- Nature系列 整合单细胞转录组学和质谱流式确定类风湿性关节炎滑膜组织中的炎症细胞状态 详细解读
- 10X单细胞测序分析软件:Cell ranger,从拆库到定量
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)- 引言
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)- 实验平台
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)- 文库拆分和细胞鉴定
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)- STAR, Kallisto定量
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)- 构建表达矩阵,UMI介绍
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(九)- Scater包单细胞过滤
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(十)- Scater基因评估和过滤
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(十一)- Scater单细胞表达谱PCA可视化
- Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(十二)- Scater单细胞表达谱tSNE可视化
- 如何火眼金睛鉴定那些单细胞转录组中的混杂因素
- 什么?你做的差异基因方法不合适?
- 单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?
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- 植物单细胞转录组的春天来了,还不上车?Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个
- 三人成虎,概率却不足十分之五?
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GEO/TCGA数据
- UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)
- ICGC数据库使用
- TCGA数据库在线使用
- BROAD开发的TCGA分析平台,强大的下载功能
- cBioPortal功能强大的TCGA再分析平台
- 这是数据更新最实时的TCGA网站,功能强大
- 不懂R,如何进行GEO数据库表达谱的差异分析、富集分析、蛋白互作、可视化?
- 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集
- 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化
- 为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的?
扩增子三步曲
- 1图表解读-理解文章思路
- 2分析流程-把握分析细节
- 扩展1:视频教程-夯实分析思路
- 扩展2:QIIME2教程-了解分析趋势
- 3统计绘图-冲击高分文章
- 易生信-扩增子教程01-基本概念
- 易生信-扩增子教程02-真菌引物选择
- 收藏-手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表
- 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
- FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪(3万字长文带你系统学习网络)
宏基因组教程
- Nature综述:Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- 宏基因组分析教程
- 4500元的微生物组培训资料
- 宏基因组分析教程合集
- 宏基因组分析教程合集和往期课程PPT分享
- 人类微生物组计划 - 宏基因组/16S分析流程 bioBakery
宏基因组分析专题
- 1 背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3 组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4 基因注释Prokka
- 5 基于Kmer比较数据集sourmash
- 6 不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7 bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8 分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvio
- 10 绘制圈图-Circos安装与使用
- MetaPhlAn2分析有参宏基因组
ChIP-seq专题
- ChIP-seq基本分析流程
- 从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)
- 表观遗传小白逆袭之道:从这 19 个视频开始吧!
- Bedtools使用简介
- 2018 升级版Motif数据库Jaspar
- MotifStack:多motif序列比较和可视化
- 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
- AnimalTFDB 3.0 动物转录因子注释和预测的综合资源库
- Cell重磅综述:关于人类转录因子,你想知道的都在这
Linux 全介绍
- 免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
- Linux - 总目录
- Linux - 文件和目录
- Linux - 文件操作
- Linux - 文件内容操作
- Linux - 环境变量和可执行属性
- Linux - 管道、标准输入输出
- Linux - 命令运行监测和软件安装
- Linux - 常见错误和快捷操作
- Linux - 文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。
- Linux - 文件排序和FASTA文件操作
- Linux - 应用Docker安装软件
- Linux - Conda软件安装方法
- Linux - 服务器数据定期同步和备份方式
- Linux - VIM的强大文本处理方法
- Linux - 查看服务器配置信息
- Linux - SED操作,awk的姊妹篇
- Linux - 常用和不太常用的实用awk命令
- Linux - 那些查找命令
- Linux - 原来你是这样的软连接
- Bash概论 - Linux系列教程补充篇
- Nature Method:Bioconda解决生物软件安装的烦恼
- Linux下文件内容更新了文件夹时间戳却没变?
- 如何获取目标基因的转录因子(上)——Biomart下载基因和motif位置信息
- 如何获取目标基因的转录因子(下)——Linux命令获取目标基因TF
- 生信人写程序1. Perl语言模板及配置
- 生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows
- 开启win10内置Linux子程序
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
CIRCOS系列
R统计和作图
- 文章用图的修改和排版 (1)
- 文章用图的修改和排版 (2)
- 简单强大的在线绘图
- 简单强大的在线绘图-升级版
- 简单强大的在线绘图-第3版
- 论文图表基本规范
- 学术图表的基本配色方法
- 数据可视化基本套路总结
- Graphpad,经典绘图工具初学初探
- 你的包佩奇了吗?试试新版Rstudio,自动提醒缺失包!
- 原来Rstudio还可以这么使用,又方便了一些
- 在R中赞扬下努力工作的你,奖励一份CheatShet
- 别人的电子书,你的电子书,都在bookdown
- R语言 - 入门环境Rstudio
- R语言 - 热图绘制 (heatmap)
- R语言 - 基础概念和矩阵操作
- R语言 - 热图简化
- R语言 - 热图美化
- R语言 - 线图绘制
- R语言 - 线图一步法
- R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图)
- R语言 - 箱线图一步法
- R语言 - 火山图
- R语言 - 富集分析泡泡图
- R语言 - 散点图绘制
- R语言 - 韦恩图
- R语言 - 柱状图
- R语言 - 图形设置中英字体
- R语言 - 非参数法生存分析
- R语言 - 绘制seq logo图
- WGCNA分析,简单全面的最新教程
- psych +igraph:共表达网络构建
- 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现
- 一文看懂PCA主成分分析
- 富集分析DotPlot,可以服
- 基因共表达聚类分析和可视化
- R中1010个热图绘制方法
- 还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码
- 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
- 文章用图的修改和排版
- network3D: 交互式桑基图
- network3D 交互式网络生成
- Seq logo 在线绘制工具——Weblogo
- 生物AI插图素材获取和拼装指导
- ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
- 图像处理R包magick学习笔记
- SOM基因表达聚类分析初探
- 利用gganimate可视化全球范围R-Ladies(R社区性别多样性组织)发展情况
- 一分钟绘制磷脂双分子层:AI零基础入门和基本图形绘制
- AI科研绘图(二):模式图的基本画法
- 你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号(=)的区别吗?
- R语言可视化学习笔记之ggridges包
- 利用ComplexHeatmap绘制热图(一)
- ggplot2学习笔记之图形排列
- R包reshape2,轻松实现长、宽数据表格转换
- 用R在地图上绘制网络图的三种方法
- PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据
- iTOL快速绘制颜值最高的进化树!
- 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化
- 编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
- R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
- 数据可视化基本套路总结
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-
和等号=
的区别吗? - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- R包reshape2,轻松实现长、宽数据表格转换
- 1数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框)
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
- 创建属于自己的调色板
- 28个实用绘图包,总有几个适合你
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
- R语言搭建炫酷的线上博客系统
- 维恩(Venn)图绘制工具大全 (在线+R包)
- R包circlize:柱状图用腻了?试试好看的弦状图
NGS基础和软件应用
- OrthoMCL鉴定物种同源基因 (安装+使用)
- Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程)
- 轻松绘制各种Venn图
- ETE构建、绘制进化树
- psRobot:植物小RNA分析系统
- 生信软件系列 - NCBI使用
- 掌握这个网站,万方、维普、CNKI等众多数据库文献统统可以免费下载!
- 拿到基因两眼一抹黑?没关系,先做个基因富集分析吧!
- 科研小萌新,掌握这些技巧,轻松玩转各个基因!
- 引起相变的无序结构域(IDRs)怎么预测?跟踪热点,提升文章档次!
- 如果你经常用PubMed,那么这个插件将非常好用!
- 基于人工智能的文献检索,导师查找,更聪明
- GeenMedical:文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿,一站服务
- 如何快准狠地找到相关领域的经典文献?
- Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及
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- 文献检索新姿势,教你如何直搜文中的科研图片!
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生信宝典之傻瓜式
- 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列
- 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络
- 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达
- 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索
- 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络
- 生信宝典之傻瓜式 (六) 查找转录因子的靶基因
- 挖掘PubMed数据库,获取报道的或推测新的基因调控关系
Python
- Python极简教程(一)
- Python极简教程(二)
- Python极简教程(三)
- Python极简教程(四)
- Python极简教程(五)
- Python极简教程(六)
- Pandas,让Python像R一样处理数据,但快
- Python解析psiBlast输出的JSON文件结果
- 为啥我的Python这么慢 - 字符串连接 (一)
- 为啥我的Python这么慢 - 项查找 (二)
- Python学习 - 可视化变量赋值、循环、程序运行过程
- Python资源
- 关于Python中的__main__和编程模板
- 莫烦Python机器学习
- 编程新手入门踩过的25个“坑”,你犯过其中哪些错误?
- Python文学化编程 - Jupyter notebook使用和插件拓展
- Python3中正则表达式使用方法
- Python3中BeautifulSoup的使用方法
- 我用Python开发了个SCI-HUB本地版
- 手把手 哇!用R也可以跑Python了
- Github 3万加星项目 - python 100天从新手到大师
Cytoscape网络图
- Cytoscape教程1
- Cytoscape之操作界面介绍
- 新出炉的Cytoscape视频教程
- Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
- Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
分子对接
文献精读
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- 数学好真的可以为所欲为啊!论一个你不知道的学科-数理生物学
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- 人类多能性干细胞研究20周年:起始于5个细胞系,我们未来20年的进步将取决于我们现在做的
- 许多癌症的发生只是概率问题 专访约翰·霍普金斯大学病理系主任拉尔夫·赫鲁班
- 肿瘤化疗无效是对预先存在的突变的选择还是诱发新突变,Cell给你答案
- “人鸡胚胎”破解生命起源奥秘,百年来首次证实“组织者”存在于人体 |《Nature》发表重磅论文
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- CRISPR-CAS9发展历程小记
- 一场大病引起的诺贝尔2017年生理学奖角逐
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- 为了速成生物学,一位程序员探索了”爆款”基因背后的秘密
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- Cell:荧光标记out了,AI不用“侵入”也能识别细胞死活和类型
- 如果你经常用PubMed,那么这个插件将非常好用!
- 生物研究中不可缺少的数字概念,多少,多大,多快
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- 2018Cell系列最好的调控方式-相变,最强综述,未来以来,你在哪
- 2018“不务正业”的化学奖又发给了生物
- 2018美日科学家因免疫治疗得诺贝尔生理医学奖-动图展示历年生理学奖
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- 综述:变温动物的适应性免疫
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科研经验
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- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- 论文Figures,你不能不知道的秘密
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