GEO/TCGA公共数据分析

GEO是当今最大、最全的公共基因数据资源库,包括基因的表达、突变、修饰等信息,涵盖几乎所有的疾病,且单个实验检测样品数目较多。TCGA数据库包含11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的基因数据 (包括基因表达、CNV,SNP,DNA甲基化,miRNA,外显子组等)和临床数据,意在解析癌症发生的分子机制、肿瘤的亚型和治疗靶点等。

这两个来源的数据都是对外公开的,是学习、研究和应用的一个资源宝库。从2006年TCGA计划启动以来,基于TCGA数据发表的文章呈指数增加,一大部分来源于对TCGA数据的再次挖掘。因此学习利用生物信息技术挖掘GEO/TCGA公共数据中疾病的分子特征、合适的检测指标具有重要的临床和科研价值。本课程将从GEO/TCGA的表达、突变数据入手,探索公共数据挖掘的基本套路,分享数据分析和可视化的思路和代码,以便应用于自己的研究。

课程涉及主要内容如下:

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。利用自己电脑,轻松实现整套分析。如果有基础,可以多理解代码内容,做更多定制。如果基础弱一些,只需修改几个备注的变量,即可完成全部分析。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,(实际上课会有调整,理论和实战穿插调和),41为两周后的线上集中视频答疑。

编号 主题 简介
11 GEO挖掘案例介绍和结果解读 学习套路和宏观把控
12 R语言基础知识介绍 基础变量和数据操作
13 ggplot2绘图基础 热图、火山图等常见图绘制
14 GEO数据库使用介绍 数据查找、下载、清洗、批次校正、可视化
15 芯片全套分析 差异基因、GO GSEA(时间序列)富集分析、可视化
16 WGCNA共表达网络 KEGG/Reactome通路可视化
21 实战重现2018 纯公共数据Science文章 文章整体解读和亮点分析
22 实战重现2018 纯公共数据Science文章 表达模式评估,样品差异分析
23 实战重现2018 纯公共数据Science文章 不同来源数据校正和比较的原理和操作
24 实战重现2018 纯公共数据Science文章 WGCNA共表达模块分析、网络可视化、模块性状关联
25 实战重现2018 纯公共数据Science文章 基因表达和突变数据关联
26 常见图快速绘制、解读和排版 见图
31 TCGA数据 案例介绍和结果解读
32 实战重现2018 JAMA文章 TCGA数据下载和整理
33 实战重现2018 JAMA文章 TCGA数据表达分析全套
34 实战重现2018 JAMA文章 突变模式, 突变负荷和生存分析
35 实战重现2018 JAMA文章 突变与临床因素相关性分析以森林图展示
36 考试、圆桌论坛 自评学习效果、知识点回顾
41 答疑-线上 答疑、考试内容串讲

R基础知识和图形绘制

GEO数据分析

TCGA数据分析

  • TCGA数据,案例介绍和结果解读
  • TCGA数据下载和整理,临床数据获取和整理
  • TCGA数据表达分析全套,差异基因富集分析等
  • 实战重现2018 JAMA文章, 突变模式, 突变负荷和生存分析, 突变与临床因素相关性分析以森林图展示, 新队列数据验证结果

希望大家报名时,给出自己想重复的文章或结果,我们综合评估,优先照顾,定制专属课程。如果当时不能满足的,也会在后续讨论群提供解决方案,毕竟我们为所有线下学员提供免费绘图

(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

往期精彩回顾

image image image

主讲教师

陈同,博士,2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所,生物信息专业博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章,运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号,给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇,SCI收录7篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇,关注人数2.3万人,累计阅读近300万次。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学,封装好的代码全部分享,随处可用:

  • 第一阶段 3天集中授课;
  • 第二阶段 自行练习2周;
  • 第三阶段 在线直播答疑;
  • 第四阶段 培训视频继续学习;
  • 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2019-04-19 到 2019-04-21 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:培训当天

授课地点

北京市西城区鼓楼附近 (具体开课前一周通知)

课程价格

  1. 截止 2019-04-13前 4199 元/人
  2. 名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
  4. 课程连报有优惠,具体见报名网站

课程福利

  1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
  2. 赠送程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
  3. 多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)
  4. 赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)
  5. 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)

注意事项 *

  1. 需自备笔记本电脑,推荐使用win10系统,4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊
  3. 上课期间禁止录音,录像
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)
  6. 不可先延期再退款

更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

image

image

复制以下链接 http://www.ehbio.com/Training/ 或 点击阅读原文跳转报名页,成为实验中不可或缺的人,赶快报名吧!

CHENTONG
版权声明:本文为博主原创文章,转载请注明出处。
alipay.png WeChatPay.png

CHENTONG

CHENTONG
积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

生信宝典文章集锦

生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么...… Continue reading