宏基因组培训

课程简介

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立11个月，分享专业技术原创文章近200篇，关注人数20000+，累计阅读超2百万次。

为满足广大读者进一步学习的需求，现联合《生信宝典》组织宏基因组学专题培训课程，进一步学习和交流宏基因组学分析技术，手把手带您快速入门、节约宝贵的时间，助力科研成果早日产出。

课程涉及主要内容如下：

一、宏基因组学概述

1. 背景：国际微生物组、中国微生物组计划
2. 研究对象：人、动物、植物、环境
3. 研究方法：培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组……
4. 宏基因组学的研究热点：培养组、肠菌与疾病、宏基因组关联分析(MWAS)、多组学联合分析……

二、宏基因组测序原理和实验设计

1. 测序发展史与原理
2. 样品制备、实验重复和测序数据量的选择
3. 正确设计实验组与正/负对照
4. 样品制作和建库中的误区、注意事项
5. 宏基因组分析SCI文章的常用套路
6. 宏基因组与扩增子优缺点比较

三、宏基因组常用结果解读

1. 原始数据评估、组装结果好坏的判断
2. 基于基因丰度样品、组间差异展示：相关性、PCA、PCoA、CCA等结果怎么看
3. 差异物种展示和功能通路结果常用图
4. 圈图用场景：多层级比例、差异、基因拼接展示、分类功能基因来源分布等
5. 韦恩图、三元图展示三组及多组间相同与不同
6. 网络图与分组、环境因子相关的意义

四、宏基因组分析流程讲解及实战

1. 实验设计的编写原则
2. HiSeq数据的质控：fastqc, kneaddata Trimmomatic, MultiQC, khmer
3. 物种和功能组成量：metaphlan2, humann2
4. 宏基因组拼接和评估：megahit, SPAdes、quast
5. 基于kmer样品和组间差异分析：sourmash
6. 基因注释：Prokka
7. 基因丰度估计：bwa, salmon等方法快速基因丰度定量，后续可进行PCA、PCoA、CCA等整体组间差异比较；进一步进行edgeR、metastat、Lefse进行组间差异基因分析；
8. 物种注释：获得非冗余基因集物种注释信息，结合第8步丰度值可进行组间差异物种分析；
9. 基因功能分类注释：代谢通路(KEGG)，同源基因簇(eggNOG)注释，结果8中丰度进行组间差异功能比较；

五、高级分析与可视化实战

1. R语言统计绘图与可重复计算
2. 宏基因组中鉴定单菌(分箱bin)：Maxin, metabin
3. Bin结果评估及可视化：CheckM, VizBin
4. 有参宏基因组分析：MetaPhlAn2、Humann2
5. 在线绘图：Echart
6. 网络分析: igraph、WGCNA、Cytoscape
7. 其它常用：Graphlan、Krona、iTol

你能得到时什么

深彻理解生物测序数据的基本思想

宏基因组分析三种模式全面的解决方案，以及结果的统计分析

• 16S扩增子数据PICRUST预测宏基因组
• 宏基因组数据Humann2定量物种和功能
• Denovo宏基因组拼接和binning
• 结果的差异比较和可视化

主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时，照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点，半封闭式教学
报到时间：开课当天课前半小时内

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

1. 原价 6999 元/人，
   截止 2018-06-29 4199 元/人
   之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐)
2. 名额有限，本次课程报名满40人后自动关闭报名通道，目前己有澳大利亚、广州、广西、武汉等30余名朋友报名，仅剩不到十个名额了。
3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

暑期促销优惠活动

在2018年6月底前报名且成功缴费的用户，不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序)，更可同时享受如下四重优惠。

1. 赠送价值188元线上生信基础课程一门，目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
2. 获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
3. 多人(N，10>N>1)组团报名并同时缴费，每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
4. 零元学习588元微生物扩增子实战分析，学员预先购买课程，待完成宏基因组线下课程者，返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。

*注意事项

1. 需自备笔记本电脑，系统不限(推荐使用Windows 10系统，8G内存，Google Chrome浏览器)。课程实战练习提供云计算平台。
2. 培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。
3. 上课期间禁止录音，录像。
4. 成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。
5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
6. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。

复制以下链接 http://www.ehbio.com/Training/ 或 点击阅读原文跳转报名页

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宏基因组相关学习资源

自学能力强、基础好的同学，如果把我们之前分享的资料全部掌握的话，应该可以自行解决本领域的绝大多数分析问题。

教程系列

• 宏基因组分析教程
• 4500元的微生物组培训资料
• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

有参分析

• MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
• HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
• 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
• 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
• 4基因注释Prokka
• 5基于Kmer比较数据集sourmash
• 6不比对快速估计基因丰度Salmon
• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
• 10绘制圈图-Circos安装与使用

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图
• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
• MMinte：预测微生物群体内代谢物互作

如果基础知识体系不完善，自学存在困难的小伙伴，急时上车也是不错的选择。

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写在后面

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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

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