4天你也可以自己处理二代三代转录组数据分析

转录组大家都很熟悉了,我们之前也有几篇介绍:

年前开了一期二代转录组线下研讨班,效果挺好,大家学的很扎实,不少朋友又继续参加了后续其它内容的培训课程。在一起学习,一起聊天,互相有些收获;能得到持续的认可,是我们最好的动力。

上次转录组培训后,还有不少新朋友希望能再开一期。5月份又恰逢一个在美国做三代测序分析 (PacBio和Nanopore)的朋友回国,机会难得,就决定在5月12日-20日北京鼓楼再开一期,前两天二代转录组测序分析,后两天三代转录组测序分析。

这么多的内容看似与我们之前推崇的内容要少,学会是王道,有些不符。但多次培训下来,发现大家的接受能力都比较强,而且在微生物组扩增子培训时, 我们探索了一个更好的方式,保证在内容多的时候,也可以不同层次的朋友学会。

我以前推崇学习就要敲代码,我们在教授基础课时都是现场讲解思路、现场敲代码、现场调试,演示整个程序的编写、调试过程,给大家感受写程序的过程。而且助教老师和学员们会临时提出很多问题和需求,现场一起去解决,在这个过程中都能学到很多新知识和新用法。我们第一期转录组也是这么进行的,当时设置的内容比较少,整个学习下来很扎实。

但后来发现,这个对基础课如(Linux, R, Python)效果更好;而后面的高级分析课,尤其是对基础薄弱的朋友,更重要的是能理解整个分析过程,运行流程得到分析结果,把流程带走应用到自己的数据。而且大家把时间花在敲代码上,效率就会低一些 (不过如果想做生信,这一步总是要做的,回去对着视频和脚本,自己敲,有问题在群里提问,就事半功倍了)。

我们在扩增子课程中第一次探索了提供整个分析流程的方式,一步步讲解一遍流程的细节,一步步运行体验流程,再重头讲一遍流程,反复至少三遍 (之所以说至少,是因为中间也会对多个细节进行多次讲解和讨论),从理论和操作都对流程和结果有了深入理解。而且我们做了很好的封装,如果应用于自己的数据,只需修改下对应的实验设计文件,就可以获得最终的分析图表。

这样不同基础的朋友都可以有自己的收获:

  1. 基础薄弱些的学会了可以按照要求提供输入获得所有结果,并进行解读;
  2. 基础一些的朋友,可以阅读流程里面的脚本怎么写的,跟自己之前的做些比较。分析技能学到一定程度都是有个相互比照,互相阅读代码,才能更好进步;
  3. 基础再好的,可以在这个基础上,提出更多需求,一起写作拓展流程;

在正在进行的ChIP-seq课程中,软件安装基于Conda,运行环境近乎一键部署;提供了整套分析命令,封装上没有扩增子课程做的好,但总体易用,简单改下样品名字即可用。这个课程也是目前课上讨论比较热烈的课程,一边运行着流程,一边讲解流程并讨论新的解决方式,整个过程下来感觉很充实,头脑风暴+现场实现。数据处理中流程是一方面,细节把握也很重要,这个需要不断讨论才能了解更深。

有了这些基础和尝试,这次同时提供二代和三代转录组分析,并在之前的基础上增加可变剪接分析。相信内容增多,效果也会更好。而且培训后,还可以继续观看培训视频,反复学习。不怕学不会,就怕不去学。

(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

课程简介

一、转录组的应用、设计和案例分享

  1. 转录组学研究技术介绍
  2. 转录组学实验设计和测序原则、注意事项
  3. 转录组学文章案例分析
  4. 在线基因表达资源数据库

二、转录组分析流程实战

  1. 测序数据质量评估和清洗
  2. 基于比对的差异基因分析
  3. 不基于比对的差异基因分析
  4. 转录本组装和选择性剪接分析
  5. 目标基因GSEA\GO富集分析

三、转录组高级分析

  1. WGCNA基因共表达分析
  2. WGCNA基因、表型关联分析
  3. Cytoscape 共表达网络绘制
  4. 转录组常见图形在线绘制

四、三代测序技术概述

  1. PacBio和Oxford Nanopore测序的原理
  2. 三代测序的特点和应用
  3. 三代测序在转录组研究的优势和案例分享

五、三代测序基本分析流程

  1. 原始测序序列去除接头和错误序列
  2. 提取环形一致序列读长(CCS reads)
  3. CCS reads分类(包括全长和非全长CCS reads)
  4. CCS reads聚类(根据CCS reads序列的相似性)获得最终的转录本集合
  5. 最终转录本比对回基因组
  6. 转录本定量和可变剪接分析

(不同版本会有细微差别,具体流程以实战专家讲述为主。)

如果您有其它关注的问题,也请报名时提出,把这次课程变成您的定制讲解

主讲教师

主讲老师包括爱荷华大学、中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-05-12 到 2018-05-13 (主要是二代测序)

2018-05-19 到 2018-05-20 (主要是三代和二三混合)

独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天+后期学习群的四段式教学,并提供学习视频,教、学、练、答结合,真正实现独立分析大数据。

每天早9点到晚5点,半封闭式教学

报到时间:上课当天。

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 限时优惠4199 元/人
    之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决,提供培训期间午餐)
  2. 名额有限,每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

促销优惠活动

  1. 座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序
  2. 赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前的《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。(http://bioinfo.ke.qq.com)
  3. 多人(N,10>N>1)组团报名并同时缴费,每人还可获得价值N百元的礼品(京东购物卡)。

*注意事项

  1. 需自备笔记本电脑,系统不限(推荐使用Windows 10)。课程实践根据需要,我们会提供云计算平台。
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊。
  3. 上课期间禁止录音,录像。
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款。
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
  6. 不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

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积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

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