高颜值可定制在线作图工具-第二版

生信宝典推出之前推出了一系列画图相关文章,包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析、共表达分析聚类如等(可点击文末链接直达),都是基于R代码或简便封装的R脚本,便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工具以及图形排版的介绍,是在家作图、出门收藏的必备良品。

现在推出的线上版设计有生信分析常见的12种图, 推出到现在独立访问次数达到8000+次,平均每人访问页面5+次, 总计打开次数4万+次。具体使用和样例可见之前的推文最简单漂亮的免费在线生信绘图工具。在大家不断的反馈下,新版做出了很多调整,提示信息更友好,工具更容易使用了。下面简单介绍下访问统计、最常使用的工具、新版的改进和操作方式,希望大家多多使用,给出更多的反馈。

有的朋友很细致,指出我们的Home旁的图标应该是个小房子,不应该是心形(在网页上更多代表收藏的意思)。我们也做了很多其他细节优化,欢迎大家继续提出更多的意见,界面上的、操作上的、功能上的,我们都会给予积极反馈和协调优化。

访问统计

推出到现在独立访问次数达到8000+次,平均每人访问页面5+次。

月度最受欢迎页面是热图富集分析图线图,排名第四的是火山图。学习GO富集分析GSEA富集分析的原理和操作,点击关键字直达, 还有去东方,最好用的在线GO富集分析工具, 注释数据每周同步更新等你体验。

功能改进

  1. 对需要有必填参数的绘图,增加了Demo按钮。

    点击Demo后,可看到非默认参数都标记了黄色背景,从上到下浏览下去,就可以看到参数如何填写的,然后点击PLOT就可以查看出图效果。

    如果一个图没看到Demo按钮,那说明没有必选,直接点击PLOT就可以看到绘图效果。

  2. 增加了数据的预先读取,把列名字存储到对应的下拉框中。这样既省去了输入,又避免了不知道填写什么内容的尴尬。

    因为必选项一般是数据的列名字,不常用程序语言绘图的朋友可能对这个缺少一些概念理解,后台程序是通过列名字索引某一列的内容的,所以只需要把数据放到数据框,在下面variable name处提供列名字就可以了索引对应的列了。

    如下图,需要指定哪一列做为横轴,比如GeneRatio; 哪一列做纵轴,比如Description; 哪一列指示上色方案;哪一列指示点的大小,都可以从下拉框中选择。

    可以用上面的Demo帮您演示,或者直接看每个图最开始的轮播,上面有详细的输入数据格式、参数选择和结果图形展示。

  3. 增加了数据格式判断。

    若输入的数据存在一些不符合后台语言规则的写法,给出提示。主要针对数据的第一行 (也就是列名字),存在非数字、字母、下划线外的字符。这些写法在Windows下没问题,但对程序语言读取会造成一些坤然,所以做了系统帮助判断,规范写法,避免后期出现意料外的错误。这个也是大家反馈最多的问题, 可以体验下这种解决方式是否有效。

  4. 每个图都可以下载PDF格式,这个是一直都有的功能,现在只是优化了显示位置。

  5. 可选参数的面板默认都是关闭状态,可点击每个面板右上角的+打开查看,获取更多的功能和更高的定制性。

  6. 增加了更多的参数判断和数据格式支持。

    比如绘制热图,有时给的矩阵会有重复的基因名字(尤其是无参转录组的结果),自己匹配的基因,没有严格命名,而在Windows下重名也不会有影响,我们增加了默认给重复的基因名加一个编号的操作,这样就不会出现错误,完好出图。不过还是建议大家自己核查结果,是否有必要自己先对基因重新命名下。

    再如UpsetView是另一种形式的韦恩图,可能大家接触不多,对它的数据格式也不了解,现在是维恩图绘制的数据,可以直接拿来绘制UpsetView,使用更方便。

    输入的中文逗号会自动换为英文逗号。

    只需要输入数字的地方,如果输入了无关字符会自动抹去。

  7. FAQ页面,搜集了一些常见的错误。这也是我们在做转录组绘图培训时,学员常犯的错误。不过慢慢地这些错误都不会在出现了,要么被我们优化了后台处理,要么给出了贴心的提醒。

  8. 多设备支持目前也有比较好的效果,欢迎更多的试用、反馈和调整。

如果您使用过程中,遇到问题,也请直接联系我们或填写Problem Feedback页面,我们会及时解答。如果有新的功能需求或其它对我们发展的建议,也请提出,我们会优先添加。我们会加您入抢先用户群,体验更多新功能,后期也会有很多福利哦。

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积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

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