生信宝典系列视频教程

生信宝典自开通以来,就致力于写最简单的文字教程,最直观整洁的排版方式,力求提供舒适的阅读体验,力求保证认真看完就可以操作。系列教程,最好从头开始看。从朋友们的关注量、阅读量来看,在一定程度上我们的努力是有效果的。我们秉承在友军公众号可以看到的知识点,如果我们觉得没有需要补充完善的或者写不出新的视角,就采用引用的方式直接附在一组推送里面,减少重复劳动。

但毕竟知识是复杂的,环境是多样的,背景是不同的,学习是需要投入和成本的,所以也会有一些反馈,某些地方没有说清楚。虽然有一些是动动手查一查或多读几遍、多试一下就可以解决的,但每次反馈,都会让给已有的文档一次更新的机会,让它们变得更易懂,越来越完善。也希望大家能多多反馈。

东西越来越多,有些就不是几句话、几段文字可以说清楚的;尤其是操作类的东西,如果详细记述可能需要耗费太多文字,还有可能越说越不清楚;大片段的文字不要说学习,估计看都不想看了,所以还是利用下多图、动图和视频会更好一些。

多图系列

插播一下,有些操作类的内容,虽然没有录制视频,但几乎也是一步步截图出来的。绘图系列脚本和Linux学习系列,无论是否录制估计都差别不大,对着文章敲不出来的,录了视频,估计也没效果

多图文章如下所示,包括海哥和永鑫的傻瓜系列,癌症数据库的使用,分子对接,Cytoscape的使用等。

  1. NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
  2. 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列
  3. 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络
  4. 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达
  5. ICGC数据库使用
  6. TCGA数据库在线使用
  7. 生信软件系列 - NCBI使用
  8. 来一场蛋白和小分子的风花雪月。这个本来应该录制视频的,尤其是可视化部分。但后来写了代码简化了操作,一个命令就可以获得可视化效果,也就省去了操作过程。
  9. Cytoscape之操作界面介绍。小慧慧倾力打造的入门教程,截图呈现Cytoscape的基本界面。

动图系列

刚入门一个语言时,视频看下别人在什么地方下手写代码、如何运行代码是必要的。有图有真相,比怎么描述都更清晰。如果有倾慕你的师兄或师姐,Face to face的教一下更好了。

  1. R语言学习 - 入门环境Rstudio。这是第一篇动图文章,示例了Rstudio中的操作,方便R入门实践,是为后续的绘图文章服务的。

  2. 不用Linux也可以的强大文本处理方法。这一篇本来用的动图,但上传总是失败,在最后关头又改成了截图。写一篇文章也不容易,除了构思、写作,还要面对腾讯的限制。点击原文可以看动图。

无声视频系列

无声视频,部分有字幕。

  1. Python解析psiBlast输出的JSON文件结果。较早前录制的无声视频,主要展示了如何一步步解析JSON文件,也是python学习探索的一个小例子,适合读过并实践过 Python学习极简教程 (一) 系列文章 (共6篇,包含较多的生信相关练习题,入门Python的好帮手)有一定基础后观看。

  2. Cytoscape教程1。最早推出的Cytoscape教程,没有声音应该不是最大的槽点,因为附有详细的字幕。但视频质量不高,使得经常被吐槽。但内容还是不错的,无论是基础操作,还是网络绘制,KEGG通路图绘制,涉及的内容比后期推出的教程更多。这也是秉承不重复造轮子的后遗症,之前写过的做过的不想重复来重复去,每次都得搞点新意。

  3. 新出炉的Cytoscape视频教程。最新推出的Cytoscape教程,无声但是高清。除了弥补之前视频质量低的遗憾,更重要的是最近提供的服务中网络图绘制比较多。不断的操作又有了新的体会,两份教程最好互补着看。对自己的声音没自信,导致又出现了个视频半成品。以后有了新的操作心得,整合之前的都重新录制下。声音好的也欢迎跟我们联系,一起录制。

有声视频

  1. UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)。这个视频是舶来品,官方网站提供到YouTube的视频。下载下来传到腾讯视频,避免了一些访问不了的操作。看完这个视频对UCSC XENA的操作一目了然,也让我意识到视频的巨大威力。应该对我们设计实施的网站或提供的结题报告,也都来一个视频教程,更清晰,更体贴。

  2. 教师节献礼 - 文章用图的修改和排版。这是第一个公开的视频教程,录完也没敢仔细听,怕没自信继续录了。上学时,录制过一个无声的操作视频,EXE格式,今天也看了下,也还挺不错的,内容比这个更多,选个黄道吉日也整理下分享出来。 在看过有声视频后,熟悉了操作;再看之前的无声视频,互补一下。

纪录片系列

这是友军公众号“宏基因组”提供的每周一部纪录片系列,都是很不错的片子。

  1. 日本NHK的《生命大跃进》。讲述了通过高通量测序(NGS)等一系列技术研究近四十亿年间的生命进化历程。日剧女神新垣结衣也有加盟,剧中一人分饰姐妹两角。特效堪比《权力的游戏》,主演相当国内当红的-赵立颖,感觉值得学习一下。

  2. 英国BBC的《人体奥秘》。有史以来第一次以如此清晰的方式,目睹胚胎在一个月到十星期过程中的面部形成过程,——直到这个过程结束胚胎的体积也还只有一颗菜豆那么大。不过,更令人震惊的或许是影片本身——在子宫中,人类的“变形”并不比什么科幻动画与电影作品中的机器人来得平淡。

  3. 中国CCTV9的《法医密档》。除了“死亡时间”之外,还有如何确定“死者身份”、如何通过一滴干枯的血迹寻找凶手等等。节目在破解案件的同时,也在传递法医“为死者代言,为生者谋权”的职业精神。

  4. 从生到死的全部秘密—人体内旅行 inside the living body。制作人员采用显微摄影技术、先进的医学技术和心脏断层(CT)显像技术,展现了从幼年、青年、成年到老年过程中,人体是如何运作、成长和成熟的。这是人一生从外部到内部的旅程,探讨了感官及其运作,大脑发育、消化系统、血液循环、细胞分裂、骨质的硬化和更换、身体死亡,等等。灵活的摄像机追踪了食物的消化过程(从嘴巴进入食道、胃、小肠、大肠、肛门),以及血液循环系统(从心脏到静脉、微血管)和脂肪在腹部与肠道的聚集。还包括人生的许多选择,如锻炼、喝酒、抽烟、听嘈杂音乐、压力等是如何影响我们身体的功能和健康的。

生信宝典,换个角度学生信

CHENTONG
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积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

生信宝典文章集锦

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