生物信息之程序学习

作为本科学生物,后来转行生物信息的人,经常会被人问起,为啥学习生物信息了呢?这背后通常会带着一些困惑,生物信息分析好不好学?

我读书的时候,实验室纯计算机出身的人员只占很小比例,更多的是大学期间学生物的;特别的,有个做的挺好的师兄,本科是商科出身。从这来看,像我这样本科学生物转行生物信息还不算是有跨度的。这也从一个侧面说明,专业背景不是能否学好生信的决定因素。

想想自己大学开始自学生信的时候,可以说是一头雾水,只知道先学习编程,查了查资料,是要学习perl语言,但是不知道要在什么地方写,怎么去运行。费了些劲,在windows上安装好perl,写个文本文件,改下后缀,发现文件的图标变成了perl的图标,双击就可以运行了,不会写命令行参数,不会输出重定向,一种傻呵呵的体验。

后来接触了Linux系统,体验到在终端输入命令的快意,才找到了编程的感觉。不过,深深印在脑海里的还是作为一个生信小白的时候,写一个程序不知道在哪写在哪运行。看过不少的教程都默认学习者会打开终端,会使用终端,会在终端运行命令。而我却是个例外,什么都不会。程序可以照着教程写下来,却不知道怎么运行。所以在我后来写python教程的时候(后台回复 python 可获取),第一部分就是介绍程序在哪儿写,在哪儿运行,怎么运行。(最开始学习perl,在研一时在QQ群一个同一大学学长的忽悠下,尝试了下python,那时有些编程基础,寒假在家看了遍《python简明教程》就可以写了,以后也就习惯了这个语言)。

我个人是个理解能力比较差的,尤其是在接触新的领域时,阅读不少教程,总觉得这些教程都是给有些基础的人写的,自己去学习时,需要多方尝试多多综合,才能找到门路。为了方便自己学习,也为了记述学习过程,就开始写博客去记录,力争从一个小白的视角、从最基础的角度去写作,记述哪怕是最简单的一步操作,一个错误,提供一个近乎人人可以直接上手的教程 (比如虚拟系统Docker的使用教程任务流控制管理的Airflow教程,这些文章被转载后,在同一平台相比于同类的教程阅读量多了10倍,我想这正是因为简单、可操作,为初学者接触这些工具提供了最大的便利)。

在初步知道程序语言怎么运行并能成功运行完示例后,就要系统地读一本简明教程;简明的教程不多见,因为一般的教程都涵盖的面比较广,而我们初期只需要关注最基本的就好 (所以我提取了我个人认为比较重要的基础内容,形成教程),可以找本经典书,请身边朋友划下重点,先从头到尾读一遍,不管理解多少,然后再读一遍。读不下去,就抄写一遍。最好的自学方式就是守住一本教材,一遍一遍地去读去熟悉,每看一遍都会有一些了解,从陌生到熟悉,慢慢就串起来了。然后就开始自己去写代码,代码就是我们思想的体现;我在教人写代码时,总会让他先描述下如果没有程序,我们自己是如何一步步的手动处理这个问题的,模拟的是程序运行的过程。理清一遍思路之后,怎么想的就怎么写,只要你敢写,就成功了

当然这个时候一般会遇到初学者经常犯的错误,写完代码,觉得自己写的很对,但运行时却总是提示错误。绝大多数情况下,错误是我们自己写作的错误;起码在最开始时,要相信是自己的错误,不是程序语言设计的错误。错误的种类就这么几种,比如引号未配对、缩进不对、少了空格、文件名不对、变量名字不一致等。这时需仔细看屏幕提示的错误信息,在提示的错误行附近反复去查看。在之前的python教程和后续的文章中,都有或会提到经常出现的错误和解决办法。

能让程序提示的错误都算不上大的错误,而程序运行成功,不等同于程序的逻辑是对的,获得的结果是对的。程序是我们设计的,多数情况,我们对程序的输出结果是可以预估和判断的,不符合预期的结果是我们最应该慎重对待的。

在能独立写作程序后,一方面是学以致用,在解决问题中逐步学习;这时谷歌是你最好的帮手,把你遇到的错误或想解决的问题的关键字提取出,一键搜索,可以帮你解决大部分问题。另一方面,则是去学习别人的代码、学习初学时跳过的内容,利用社区中提供的优秀的模块或包来简化、加速自己的操作。入了门,就不需要像刚开始时,什么操作都自己去写了,俗语叫“自己造轮子”;可以用很多经验更丰富的开发人员做好的轮子解决我们的问题。

关于学习周期,如果能静下心去学习的话,1个月的时间是足够的。如果不时还能有人给你点播,2-3周就差不多了。关键的关键是去背、去抄,书读百遍其义自见。

CHENTONG

CHENTONG
积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

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