Record of kegg usage

KAAS annotate genes

  • Map gene sequences or protein sequences to kegg orthologs using kaas

KEGG ID trnasfer

  • ToGoWs: various types of KEGG IDs to NCBI and UniProt IDs.
    $ curl -s http://togows.dbcls.jp/entry/orthology/K08452,K13751/name
    GPR97
    SLC24A3, NCKX3
    $ for i in `cat ko.list`; do echo $i, \
    `curl -s http://togows.dbcls.jp/entry/orthology/$i/name`; done \
    >ko.list2name
    
  • Bioconductor packages ``` library(org.Hs.eg.db)

##Toy example symbols: sym = c(“AKT3”,”CDH1”)

##Get the Entrez gene IDs associated with those symbols EG_IDs = mget(sym, revmap(org.Hs.egSYMBOL),ifnotfound=NA)

##Then get the KEGG IDs associated with those entrez genes. KEGG_IDs = mget(as.character(EG_IDs), org.Hs.egPATH,ifnotfound=NA) ```

CHENTONG
版权声明:本文为博主原创文章,转载请注明出处。
alipay.png WeChatPay.png

CHENTONG

CHENTONG
积微,月不胜日,时不胜月,岁不胜时。凡人好敖慢小事,大事至,然后兴之务之。如是,则常不胜夫敦比于小事者矣!何也?小事之至也数,其悬日也博,其为积也大。大事之至也希,其悬日也浅,其为积也小。故善日者王,善时者霸,补漏者危,大荒者亡!故,王者敬日,霸者敬时,仅存之国危而后戚之。亡国至亡而后知亡,至死而后知死,亡国之祸败,不可胜悔也。霸者之善著也,可以时托也。王者之功名,不可胜日志也。财物货宝以大为重,政教功名者反是,能积微者速成。诗曰:德如毛,民鲜能克举之。此之谓也。

生信宝典文章集锦

生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么...… Continue reading

生信宝典文章集锦

Published on January 01, 2100

生信宝典文章集锦

Published on January 01, 2100